中華書局版的黃帝內經是壹套註音版古籍，包含了《素問》與《靈樞》兩部。該版本比較繁體、註音部分比較清晰，根據原文排版，排版較為古典。讀者可以比較方便地體驗到古籍的古樸魅力。
新華書店版的黃帝內經是壹本現代化中文版本，是基於清代趙本立手抄本的整理而來。該版本排版優美，文字標準大方，註解也比較詳細，適合初學者閱讀。
中華書局和新華書店均是中國的著名出版發行機構，想要有現代性和易讀性，可以選擇新華書店版本；要更好地接觸和研究古籍，可以選擇中華書局版本。