《問學集》(上下，中華書局，1966年)壹書是他的代表作。其中收錄了他自1934年至1962年間撰寫的各種論文***44篇。對古音、等韻、《切韻》及以前的訓詁書等都提出了不少創見，陳述了他對漢語發展史、漢語研究史及歷史方言研究等諸多方面的獨特觀點，為後人提供了豐富的史料和可貴的研究線索。
《漢魏晉南北朝韻部演變研究》是其研究漢語音韻的又壹部重要著作。該書旨在探討自周秦音至《切韻》800年間韻部演變的過程。《唐五代韻書集存》（中華書局，1984年）壹書是他幾十年搜集、整理和考釋唐五代韻書的成果，其中集印了唐五代寫本和刻本韻書***30種，是總集唐五代韻書的壹部大書。這對於研究古代文字的形體、音義，考察古人釋字的方法等都很有價值。《廣韻四聲韻字今音表》壹書則列出了《廣韻》206韻的各紐反切，用漢語拼音字母註出今音，成為普及漢語音韻學知識、幫助讀者掌握運用《廣韻》研讀音韻或文學作品的工具。在古籍整理與校勘方面，他著有《廣韻校本》（上下，商務印書館，1937年）、《方言校箋》（科學出版社，1956年）、《洛陽伽藍記校釋》（科學出版社，1956年）、《爾雅校箋》（江蘇教育出版社，1984年）、《釋名校箋》(載《文史》第四十七輯)等。在文字改革運動和漢語規範化方面，他積極提倡普及語文知識，撰寫了不少論著闡述自己的觀點。《漢語詞匯講話》（人民教育出版社，1959年）壹書在漢語詞匯通俗讀物中影響比較大。他長期從事教學工作，在為祖國培養語言文字工作者方面做出了貢獻。 總述
周祖謨1949年前主要從事中國文字學、聲韻學、訓詁學、漢語史以及古典文獻學的研究。1949年後開始從事現代漢語詞匯和語法的研究，並進壹步貫穿古今，研究漢語發展的歷史，同時註意語文教育的壹些問題，在古典文獻學方面也有很高的成就。
音韻、訓詁貢獻
周祖謨在文字學、音韻學、訓詁學方面用力最勤，取得的成就也最大。所著《問學集》和《語言文史論集》，包括語言、文學、歷史方面的論文90余篇，集中了他關於古漢語聲韻部類和《切韻》性質及其音系基礎等方面的創見，論述了周秦至陳隋800年間韻部的演變過程，並考訂和評述了語言、文學、歷史方面的許多著作，創獲獨多。
《問學集》壹書是他的代表作。所收論文、劄記等對古音、等韻、《切韻》以及前代訓詁書均提出不少創見，是其學術代表作。書中對於上古音作了廣泛的探討，涉及聲、韻、調各方面；對於漢魏以下的聲韻也作了細致深入的研究；在等韻方面，根據梵文《悉曇章》壹類材料及現代語音學理論對“陰調”、“陽調”、“五音”、“轉”等傳統術語給予新的解釋；用現代語言學理論評述了中國古代眾多語言學著作的是非得失，輯錄了許多有價值的史料。
周祖謨治學註重吸收前人研究的成果，並從觀點和方法上衡量其得失，進壹步利用多方面的材料鉤深致遠。主張理論性與實用性並重，認為要研究古代音韻，必須研究現代方言，除方言之外，還要重視歷史文化和歷代古典文學作品的研究。
周祖謨在高校教學50余年，教學中註意指導學生如何運用知識，同時介紹研究的進展情況和需要解決的問題。在他的辛勤教誨下，不少學生已經成為語言學界著名學者、教授。
古籍整理成果
周祖謨精通版本目錄學，對古籍涉獵很廣，加之音韻訓詁的專長，註意廣搜版本，比較優劣，在古籍整理和校勘方面取得了很高的成就。
在古籍整理與校勘方面，他著有《廣韻校本》、《方言校箋》、《洛陽伽藍記校釋》、《爾雅校箋》（江蘇教育出版社，1984年）、《釋名校箋》等。
周祖謨《方言校箋》
《方言校箋》壹書，為《方言》的研究做了總結。周著以宋代李孟傳刻本為底本，參證清代戴震、盧文弨、劉臺拱、王念孫、錢繹等各家研究成果，精心比勘，重新刊定，成為後出轉精的定本。吳曉鈴先生又為《方言校箋》編了《通檢》，附於書後，查閱方便。 《方言校箋》參照宋以前古書33種加以申辨，對原書的訛文脫字都依例作了訂正。
《廣韻校本》引證了前人未見的中古字書《原本玉篇》、《慧琳音義》、《篆隸萬象名義》、《字鏡》等材料，在校勘上，註意抉發原書訛誤條例，辯正俗寫或體，考案音義，成為海內外研究《方言》的重要依據。 主要著作
《問學集》（上下，中華書局，1966年）此書是他的代表作。
《漢魏晉南北朝韻部演變研究》
《廣韻校本》（上下，商務印書館，1937年）
《廣韻校本方言校箋》（科學出版社，1956年）
《洛陽伽藍記校釋》（科學出版社，1956年）
《爾雅校箋》（江蘇教育出版社，1984年）
《方言校箋》《釋名校箋》
《唐五代韻書集存》（中華書局，1984年）
《廣韻四聲韻字今音表》
《漢語音韻論文集》
《漢語詞匯講話》（人民教育出版社，1959年）
《周祖謨學術論著自選集》
《周祖謨語言文字論集》
《周祖謨語言學論文集》
主要論文
《陶刻孫本〈說文解字〉正誤》
《研究漢代詩文韻讀之方法》
《五代刻本〈切韻〉之韻目》
《從文學語言的概念論漢語的雅言、文言、古文等問題》
《關於唐本〈說文〉的真偽問題》
《讀王念孫〈廣雅疏證〉簡論》