西端在當金山口與阿爾金山脈相接。東端至黃河谷地，與秦嶺、六盤山相連。長近1000千米。屬褶皺斷塊山。最寬處在酒泉市與柴達木盆地之間，達300千米。
山脈自西北至東南走向，包括大雪山、托來山、托來南山、野馬南山、疏勒南山、黨河南山、土爾根達阪山、柴達木山和宗務隆山。山峰多海拔4000～5000米，最高峰疏勒南山的團結峰海拔5808米。海拔4000米以上的山峰終年積雪，山間谷地也在海拔3000～3500米之間。
“祁連”系匈奴語，匈奴呼天為“祁連”，祁連山即“天山”之意。因位於河西走廊之南，歷史上亦曾叫南山，還有雪山、白山等名稱。
廣義的祁連山脈，是甘肅省西部和青海省東北部邊境山地的總稱。在青海境內位於柴達木盆地北緣，茶卡—沙珠玉盆地，黃河幹流壹線之北，北至省界，西起當金山口，東至青海省界。地理坐標：東經94°10'-103°04'，北緯35°50‘-39°19′。狹義的祁連山是指祁連山脈最北的壹支山嶺。
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