對朱砂毒性的認識逐漸深入
中醫主要將朱砂用於安神、鎮驚和抗微生物。《神農本草經》曰：“朱砂主身體五臟百病，養精神、安魂魄，益氣明目，殺鬼魅邪惡鬼，久服通神明不老。”可見，中醫最早認為朱砂是可以久服的。隨著臨床實踐的深入，《本草備要》、《本草從新》等古籍中出現了朱砂致人癡呆、致人呆悶等中毒的記載。現代研究認為，朱砂為汞劑，可致慢性中毒，久服可造成機體蓄積，對兒童危害尤大。
我國1985年以前的各版《藥典》對朱砂的毒性認識不夠或描述其毒性的語義比較含混。隨著長期服用朱砂制劑造成慢性汞蓄積中毒的報道不斷增多，1985年版《藥典》確認了朱砂有毒，但認識較為模糊；1995年版《藥典》在這方面的認識有所提高，將朱砂的日用量由0.3～1.5克降至0.1～0.5克，並去掉了含毒性成分水可溶性汞鹽較高的幹研成細粉的朱砂炮制品，只保留了水飛法炮制的朱砂粉；2000年版《藥典》對朱砂的毒性有了進壹步認識，規定炮制時幹燥過程中溫度必須在40℃以下，藥用朱砂不得檢出水可溶性汞鹽；2005年版《藥典》對2000年版《藥典》相關內容未作修改。
朱砂的有效成分眾說紛紜
硫化汞是朱砂的主要成分，可它是不是朱砂的有效成分，至今仍無定論。中藥復方新藥開發國家工程研究中心副主任葉祖光等在實驗中，對服用了安宮牛黃丸（含有朱砂）的實驗動物的糞便進行檢測，並將檢測到的總汞折合成硫化汞，發現這些硫化汞占給藥量的98.5％，說明硫化汞未經腸道吸收，而是全部排出體外，因而認為硫化汞實際上是不被機體所吸收的無效、無毒成分，而朱砂中所含的1.5％的酸可溶性汞才是其有毒、有效成分。
對此，壹些學者有不同看法。因為，《藥典》規定藥用朱砂粉（即水飛炮制品）不含水溶性汞鹽，但可以含遊離汞。有文獻報道稱，水飛朱砂中的遊離汞含量均低於1微克/克（0.0001％）。即使按照2000年版《藥典》前規定的水飛朱砂遊離汞含量為18～35微克/克來計算，遊離汞也僅占0.0018～0.0035％，遠低於1.5％。這說明被吸收的1.5％的汞絕大部分來源於硫化汞。
也有人認為硫化汞不應該是無效、無毒成分，而是有效、有毒成分的前體藥物。理由如下：我國學者曾以小鼠灌胃給藥的方法研究朱砂的體內吸收、分布，發現小鼠吸收進入體內的汞量遠遠高於服用的朱砂中所含的可溶性汞和遊離汞的最高量，說明部分硫化汞在胃腸道的某些環境下被轉化為可吸收的汞化合物。有報道稱朱砂在厭氧有硫條件下，在pH為7、溫度為37℃的暗環境中與帶甲基的物質相遇能產生甲基汞，而甲基汞的吸收率可達100％。人體腸道正具備上述條件，而且，胃腸道中的消化酶和腸道細菌中可能具有氧化還原酶、甲基轉移酶等酶類，更有助於硫化汞在消化道被轉化成甲基汞或半胱氨酸汞、谷胱甘肽汞等小分子絡合物而被吸收。
值得註意的是，藥用朱砂粉除含有98％以上的硫化汞外，還含有許多金屬元素，如鎂、鉍、鐵、矽、鋇、鈣、銅、錳、銻、砷、鋅、硒、碲、鉛等，其中有些是對人體有害的重金屬元素。是否應對這些成分在炮制方法、限量標準方面進行規定也應引起重視。
中成藥中朱砂用量值得商榷
如果以1995年版以後的我國《藥典》規定的朱砂藥材日用量——0.1～0.5克為標準來衡量中成藥中的朱砂量，除避瘟散外（由於《藥典》沒有規定該藥的日服次數，因而無法明確其日用量），對成人用藥來說，沒有壹個品種中的朱砂用量超標，遠好於雄黃復方制劑中壹半左右雄黃日用量超標的情況。
但應該看到，朱砂是毒性藥材，日用量規定範圍相差5倍，顯然不合理。因為即使是無毒的中藥材，日用量範圍大多也只是2～3倍，超過3倍的不多。大多數毒性藥材的日用量範圍為2倍，如雄黃為0.05～0.1克。如果朱砂日用量範圍也規定為2倍，即0.1～0.2克，那麽中成藥中朱砂日用量超標的品種數會多於雄黃量超標的品種數。即使在5倍範圍之內，如果從采用最小劑量為兒童用藥量的角度來考察，不少中成藥中的朱砂量也超標，如我國《藥典》中的小兒驚風散，朱砂超常規用量2.5倍；小兒清熱片，朱砂超常規用量0.4倍；小兒金丹片，朱砂超常規用量2.5倍等等。
而且，在2005年版《藥典》中收載的46個含朱砂的中成藥中，只有7個品種要求測定硫化汞含量。如果承認硫化汞是產生藥效和毒性的前體藥物，就應該要求所有生產企業必須測定中成藥中硫化汞的含量，以控制含朱砂中成藥的用藥風險。
含朱砂中成藥應再評價
我國對中成藥的再評價工作遠遠落後於化學藥品。嚴格的、科學的再評價可以確定藥物療效、毒副作用、效益/風險比、性/價比及其在同類藥物中的位置。可是我國《藥典》中的中成藥，絕大多數沒有經過再評價，同類產品之間的比較性再評價更少。為了促進中藥現代化、國際化，首先對《藥典》中收載的含有有毒藥材（如朱砂、雄黃）的中成藥進行全方位的再評價很有必要。
在我國《藥典》中收載的含朱砂的中成藥中，有相當壹部分方子按中醫藥理論分析，配伍朱砂是沒有必要的，或是不合理的，或可以用其他藥材替代。如已有壹些動物實驗證明，朱砂在安宮牛黃丸中並不是必需的，甚至是不起作用的。行政管理部門應通過政策引導，組織基礎、臨床研究機構和生產企業的科研人員，從各自的專業角度去考察和再評價含朱砂的復方制劑，以便在修訂藥品標準時刪去無用而有毒的朱砂組分，對在制劑中必要的、起有效作用的朱砂作出含量範圍要求，以及制定壹系列安全標準和安全用藥規定，為保障用藥安全，促進中成藥進入國際市場提供更加科學的支持數據。