東校區
壹層為基本書庫。按文獻內容特點及流通量大小將藏書分為二個服務區，即綜合書庫和文藝書庫。綜合書庫藏書250000冊，閱覽座位140個；文藝書庫藏書50000冊，閱覽座位48個。內設：①借閱大廳，負責圖書借還手續；書庫、閱覽區管理及咨詢服務；②檢索大廳，設置聯機檢索用微機7臺，檢索館藏書目、讀者借閱情況、學校基本情況和圖書館網頁，閱覽、休息座50個；③自助式電子存包櫃，讀者可憑借閱證上的條形碼自主存放物品。
東面為采編部。負責各類中外文獻的采訪、加工與分編。
二層大廳設總咨詢臺、圖書館平面圖、自助式電子存包櫃、觸摸屏。
學生自習室三間，合計自習座位472個，每天開放時間為17個小時。
三層為期刊閱覽室區。社會科學現刊閱覽室。有中外文現刊900種，報紙60種，閱覽座位88個；自然科學現刊閱覽室。有中外文現刊800種，閱覽座位88座；過期刊閱覽室，有中外文過刊48000冊，以上各室均配讀者檢索用微機1臺。同時三樓書店配有靜電復印機。
四層是圖書館技術部及數字資源部。分設電子文獻閱覽室、多媒體閱覽室（待建）、機房、工作間、技術部辦公室和數字資源部辦公室。電子文獻閱覽室可查閱光盤、萬方、同方、人大復印資料、EBSCOhost檢索系統數據庫、多媒體光盤，查閱校內及互聯網上的各類資料，有微機80臺，配打印機；多媒體閱覽室設觀像廳、聽音室、視聽資料研究室、復錄室，提供集體觀像、個別聽音、個別視聽、復制等服務，發揮輔助教學和外語教學等方面的服務，並設有電子書庫（光盤、磁帶等），座位40個。工作間與機房，主要從事圖書館自動化系統的實現和運行，文獻數字化、電子文獻上網和圖書館網站的維護工作。
東面為臨時學生自習室，設自習座位186個，二期工程為第二電子文獻閱覽室。
東面還有特藏文獻室，內有《四庫全書》、《中華大藏經》、《古今圖書集成》等大部頭精典文獻，以及各種政書、類書、線裝書等古籍及原版外文圖書、內部資料等。
五層為社會科學教學參考書閱覽室，藏書35000冊，閱覽座位66座；自然科學教學參考書閱覽室，藏書25000，閱覽座位66座；均設有3個的小研習間，用輕型隔音材料分隔，每間配有微機。此兩室均對學生開放，為全校師生提供良好的學習研究服務。
圖書館館長辦公區設在五層西面。
六層的情報咨詢部，存放參考工具書、檢索工具書，內設情報檢索室，提供手工檢索和館內外網絡數據庫的計算機檢索服務、定題服務、參考咨詢服務、情報調研服務等。
社會科學參考工具書室，藏書13000冊，閱覽座位51個；自然科學參考工具書室，藏書11000冊，閱覽座位51個；均設3個小研習間，用輕型隔音材料，每間分別配置微機。
另設專家（教師）研究間6個，用輕型隔音材料分隔，配微機，通信接口和電源插座，主要用於為教師備課和科研需求，提供靜謐的研習環境。
西校區
主要存放海洋科學技術學院、漁業學院、工程學院、醫學院專業及《科圖法》類全部藏書，有藏書15萬冊，座位787個。
壹層的綜合書庫，主要提供以上四個專業的文獻借閱，有藏書12萬冊，閱覽座位50個；學生自習室二間，設座位318個。
二層的綜合閱覽室，主要存放以上四個專業的文獻閱覽，有圖書和期刊3萬冊，報紙20種，座位174個；學生自習室壹間，設座位215個。