《傷寒論》目前有多種版本，其中以晉代程無忌《傷寒論註》最為常見，但其內容已有較大變化。古代最好的版本是宋代的《傷寒論》，但是這個版本已經幾乎消失了。明代趙出版的《仲景全書》完全抄自宋代《傷寒論》，現存僅五部。目前最權威的《傷寒論》版本，當屬劉渡舟先生於上世紀80年代末主編的《傷寒論校勘》壹書。在《傷寒論》的流傳史上，先後有王本(本)、本(孫思邈本)、敦煌本、宋本(林翼編)、成本本(程無忌本)、趙本(本)。劉本《傷寒論》是迄今為止最好、最權威的版本。
值得壹提的是，桂林古本中還有壹個版本的《傷寒論》，據說是與上述傳並列傳世的另壹個版本，其內容中有些文字與王系列略有出入，也是參考版本。