我國的數學有悠久的歷史和光輝的成就，內容非常豐富，在世界數學史上也占有十分重要的地位。錢寶琮從事中國數學史研究始於1919年的五四運動時期。當時的新文化運動對知識界產生了強烈的沖擊，也給予正執教於蘇州工業學校的錢寶琮以很大的啟發。他常到書店買新出版的雜誌看，讀過全部再版的《新青年》，尤其喜歡看胡適、錢玄同等的文章。在吸取新思想之後，他拋棄了以前的“保存國粹”的想法，漸漸知道“整理國故”、“發揚國學”的必要，於是努力學習清代漢學家的考證工作，註意收集中算古籍，準備研究中國古代數學的發展歷史。自本世紀20年代初，錢寶琮陸續有研究論文問世。如1921年發表的《九章問題分類考》、《方程算法源流考》、《百雞術源流考》、《求壹術源流考》、《記數法源流考》等，就是他的最早的壹批文章。此後，他繼續在中國數學史和中國天文學史領域辛勤耕耘數十年，獲得了豐碩的成果，為中國科學史這壹學科的建設和發展作出了巨大的貢獻。
1．主編《中國數學史》錢寶琮在經過多年專題研究之後，於1924年秋著手撰寫中國數學史專著，並在南開大學執教時編成《中國算學史講義》，隨後又幾經增減，於1932年出版了《中國算學史》（上卷）。書中論述了從上古、先秦壹直到明萬歷年間西方數學傳入之前中國數學的發展情形和主要成就，並且包含有關天文歷法和中外數學交流等方面的豐富內容。這部著作是錢寶琮前壹階段科學史研究工作的總結。在此後的30多年裏，他又進行了題材廣泛的專題研究，並於1964年主編出版了《中國數學史》。《中國數學史》是中國科學院中國自然科學史研究室（自然科學史研究所前身）數學史組的老中青學者集體編寫的，從初稿的執筆到改寫定稿都經過反復的討論，大部分出自錢寶琮的手筆。全書***分四編，前三編寫到明朝中葉，相當於《中國算學史》（上卷）所包括的時期，第四編則為明末至清末的中國數學史。這部著作系統地和簡明地敘述了自上古時起到20世紀初葉（1911年辛亥革命）止中國數學發生發展的歷史，內容包括各個時期中國數學的發展情形和主要成就，歷代傑出數學家生平事跡、數學成就和數學思想的適當評價，數學教育和中外數學交流等，同時努力闡明各階段數學發展與當時社會經濟、政治以及哲學思想之間的關系，集中體現了錢寶琮數十年悉心研究的結果，也吸收了當時數學史研究領域的新成果。《中國數學史》史論結合，體系嚴整，脈絡清晰，考訂翔實，立論精審，問世後很快就得到國內外學術界的好評，成為中國數學史研究領域的經典之作。在1961年《中國數學史》定稿後，錢寶琮曾寫了壹首詩：“積人積智幾番新，算術流傳世界珍。微數無名前進路，明源活法後來薪。存真去偽重評價，博古通今孰主賓。合誌***謀疑義析，衰年未許作閑人。”當時他雖年事已高，但雄心未減，還想做更多的工作。按照他的想法，要繼續編寫中國天文學史和世界數學史。他還提出，在《中國數學史》出版以後，要對各個斷代的數學發展情況，繼續作深入的研究，以便在三四年後，根據讀者的意見，再進行壹次增訂和修改。1966年出版的《宋元數學史論文集》就是這個研究計劃的壹部分。但是，由於發生了“文化大革命”，這個計劃未能繼續實行。
2．校點《算經十書》中國古代數學典籍是很豐富的，但在漫長的流傳過程中，散失、偽托和衍文脫誤的情況十分嚴重，給研究者帶來相當大的困難。因此，數學史的史料和典籍的考訂工作是數學史研究的壹項重要的基礎工作。錢寶琮認為，撰文著書，務要“事皆征實，言必近真”，要把自己的論點和論據建立在翔實可靠的基礎上，因而他在這方面下了很大的功夫。在《錢寶瓊科學史論文選集》所收錄的33篇論文中，就有10多篇屬於這方面的工作。他的第壹批數學史論文就是關於九章問題、方程術、求壹術、百雞術、記數法等算法源流的考證，後被匯刊為《古算考源》。他對《九章》、《周髀》、《孫子》、《夏侯陽》等算書的斷代問題也作了詳細的考證，將《九章算術》斷為公元1世紀成書，將《周髀算經》斷為公元前1世紀成書，提出現傳本《夏侯陽算經》是唐中葉的作品等等，這些看法由於旁征博引，證據充分，推斷合理，很有說服力，已為多數學者所接受。唐代“立於學官”的10部算經是具有代表性意義的十種數學著作，它們是了解我國古代數學發展情況必不可少的文獻。在大量考證和專題研究以及對照多種版本精心校勘的基礎上，1963年出版了錢寶琮校點本《算經十書》（其中不包括已失傳的祖沖之《綴術》，但收有甄鸞《數術記遺》），這是他在中算古籍考訂和校點方面的重大成果，也是這部書目前最好的版本，受到學術界的普遍歡迎。
3．數學史的專題研究錢寶琮對於中國數學史上的重大課題，包括歷代重要數學家、數學理論和數學方法等，作了壹系列的專題研究，其成果已凝聚在他的專題論文和數學史專著中。例如，關於中國古代的圓周率和割圓術，整數勾股形，增乘開方法，奇零分數記法，以及秦九韶和《數書九章》，梅文鼎和《梅氏叢書輯要》，汪萊和《衡齋算學》等，都有專文論述。這些文章有豐富的史料，精彩深刻的論述，大多是開創性的工作，發人所未發。後來的許多科學史工作者都從中吸取營養，得到啟發，在其工作的基礎上繼續鉆研，取得了不少新成果。
4．與數學史有關的學科史研究錢寶琮認為，數學的發展不可能是孤立的，它與其他學科（特別是天文歷法）的發展，常有密切之關系。因此在研究數學史的同時，他還對天文歷法、音律和《墨經》、力學等進行了深入的研究。他所撰寫的論文，如《甘石星經源流考》、《論二十八宿之來歷》、《授時歷法略論》、《蓋天說源流考》、《從春秋到明末的歷法沿革》等，所論及的都是眾說紛紜、難度很大的問題，有很高的水平和廣泛的影響。例如在《授時歷法略論》中，指出了授時歷法在天文數據及招差法、弧矢割圓法等方面的成就，並且把授時歷法和當時的西域回回歷法作了對比研究，否定了明末以來壹些人認為授時歷來自回回歷的論點。《從春秋到明末的歷法沿革》則為中國歷法史的研究建立了新的數理基礎。錢寶琮的這些論文和其他壹些論文已經成為中國古代天文歷法研究者必讀的作品。
5．中外數學比較和中外數學交流中國古代數學有獨具特色的體系並取得了極其輝煌的成就，是世界數學史非常重要的組成部分，對世界數學發展作出了重要貢獻。但是壹些科學史家特別是西方科學史家卻很少了解或不肯承認中國數學的作用和影響，甚至貶低中國數學在世界數學史上的歷史地位。這種狀況反映出壹種由來已久的偏見，當然是不符合事實的。錢寶琮很早就指出，“中國算學與印度、阿拉伯、日本及西洋各國算學均有授受關系”。由於這類問題涉及面廣，還有史料和語言等方面的障礙，因而研究難度很大，進行研究的人也很少。錢寶琮對此做了不少開創性的工作，他所撰寫的論文，如《九章算術盈不足術流傳歐洲考》、《印度算學與中國算學之關系》等，內容非常豐富，證據相當有力，現在還常為人們所引用。在《中國數學史》中，他列舉出14項證據來說明中國數學對印度數學的影響，也是很有說服力的。關於中外數學交流和比較研究方面，還存在大量未解決的問題，至今仍然是數學史上值得深入研究的重要課題。
6．數學思想史研究中國古代數學與古希臘數學有不同的體系和特點，這與兩者的社會條件和哲學思想有密切的關系。錢寶琮晚年提出要加強數學思想史研究，並撰寫了《宋元時期數學與道學的關系》、《九章算術及其劉徽註與哲學思想的關系》、《討論中國古代數學的邏輯》等文章，探討了數學與宋元理學、劉徽與荀子思想的關系等問題，為把數學史研究提高到更高的層次和挖掘更深刻的內容，作了開榛辟莽的工作。
運用正確的立場、觀點和方法來整理和研究我國豐富的數學遺產和科學遺產，是壹項具有重要歷史價值、學術價值和現實意義的工作。錢寶琮在這壹領域作出了傑出的和多方面的貢獻，因而得到了學術界的廣泛贊譽。著名數學家吳文俊說：“李儼、錢寶琮二老在廢墟上挖掘殘卷，並將傳統內容詳作評介，使有誌者有書可讀有跡可尋。以我個人而言，我對傳統數學的基本認識，首先得於二老著作。使傳統數學在西算的狂風巨浪沖擊下不致從此沈淪無蹤，二老之功不在王梅（指清初天算大家王錫闡、梅文鼎）二先算之下。”又說：“幾乎瀕臨夭折的中國傳統數學，賴王梅李錢等先輩的努力而絕路逢生並重現光輝。”著名數學家陳省身、華羅庚、蘇步青以及英國著名科學史家李約瑟（J．） Needham）博士等也都對錢寶琮的成就給予了很高的評價。 錢寶琮長期從事數學教育工作，是數學教育界的老前輩。從1912年起，他先後在上海南洋公學附中、蘇州工專、南開大學、中央大學等大專院校講授數學，1928年到浙江大學擔任首屆數學系主任，為浙江大學數學系的建立和發展作出了重要貢獻。他在長達40余年的教學生涯中，木鐸金聲，教澤廣被，桃李滿天下。在他的學生中，有著名數學家陳省身、江澤涵、吳大任、申又棖、孫澤瀛、程民德、張素誠等，著名數學家華羅庚也以師長事之，對他十分尊崇。他的許多學生都已成為科學技術各個領域的重要骨幹和學術帶頭人。他的嚴謹的學風和生動的教法，以及培養青年、關懷學生的熱忱給所有與他有過接觸的人留下了深刻的印象。
錢寶琮是壹位熱愛祖國、熱愛中華民族優秀文化傳統的學者。他經常在課堂上用生動的語言、典型的事例，滿腔熱情地宣講中華民族的悠久歷史和燦爛文明，介紹中國古代光輝的數學成就，教育學生正確認識我們的偉大祖國，珍視中華民族的優秀文化遺產，鼓勵學生增強民族自豪感和自信心，奮發圖強，努力成為對祖國繁榮昌盛和科技發達有所貢獻的人。既教書又育人，結合教學培養學生的愛國主義思想，是他教學工作的壹大特色。
錢寶琮數學教學工作的另壹特色是重視實際，重視計算。他講授微分方程，不僅教給學生復雜的數學理論，而且也闡述微分方程怎樣來自實際，它的解又有什麽物理意義，使學生獲得比較全面的知識。壹般教師談到求代數方程的近似根問題，經常取整系數方程作示例。而他認為實際問題很少恰恰有系數為整數的情形，因而喜歡采用系數為小數的題目，借以提高學生的實際計算能力。在20至40年代數學界偏重理論的風氣下，這種重視理論聯系實際，註意培養基本技巧和能力的作法，是非常難能可貴的，並且對當時的數學教學產生了積極的影響。
在教學活動中，錢寶琮很註重教學方法，特別是非常註意調動學生學習的自覺性和主動性，善於啟發學生自己的思路。他講課深入淺出，通俗易懂，旁征博引，把比較枯燥抽象的數學內容講得透徹生動，饒有風趣，使學生印象深刻，取得較好的效果。
在學業上，他對學生的要求是很嚴格的，甚至給人壹種嚴厲感。對於好的學生，好的學習方法，以至好的解題方法，他必在課堂上予以表揚；而對學習敷衍，作業馬虎，甚而文字不順，寫錯別字等，也決不留情，予以糾正，有時還用尖銳的措詞，當眾進行批評。但學生們都能體會他的良苦用心。他的嚴厲決不是為了自己，而正是為了學生的將來。在平常與學生接觸中，他卻又平易近人，有說有笑，談古論今，妙趣橫生，使學生對他懷有濃郁的親切感。這種十分融洽的師生關系，是搞好教學工作的重要基礎。
1956年以後，錢寶琮調入中國科學院專門從事科學史研究，同時又為培養新壹代科學史工作者作了大量的工作。他關懷和指導後學是滿腔熱情的和不遺余力的。他不僅樂於解答青年人各種各樣的問題，為了培養青年人，他甚至常常把自己掌握的材料或已構思成熟的題目和主要想法，有意識地拿出來，讓後生晚輩去作文章，借以得到鍛煉和提高。他雖是名重壹時的學術權威，但從不因循守舊，固步自封，以居高臨下的姿態對待青年人，相反地，卻鼓勵青年人敢於發表自己的看法，敢於展開學術爭論，要尊重前人又要有新的貢獻。他認為：“在學術上並不存在青年人、老年人的關系，應該展開爭論。如果什麽都聽老年人的，那麽就會壹代不如壹代。老年人也不應該以長者自居，不肯聽取青年人的意見。當然，老先生可能有些經驗，這是應該尊重的。”
錢寶琮是運用現代數學知識和科學方法整理和研究中國古代豐富的數學遺產並取得許多重要成果的傑出學者，也是率先在大專院校開展數學史教育的先驅。早在20年代中期在南開大學數學系任教期間，他就編寫出《中國算學史講義》並出版了油印本，為學生們開設了數學史課程。抗日戰爭前和浙江大學西遷時，在杭州、貴州貴陽、湖南衡山等地，他又多次參加中學教員講習班講授數學史。在50年代初和中期，為了配合當時的愛國主義教育和適應向科學進軍的需要，他除在報刊上發表壹系列宣傳中國古代數學成就的文章以外，還定期從杭州浙江大學到上海華東師範大學去講中國數學史，並為杭州市中學數學教學研究班開設了數學史課；到北京以後，又為北京師範大學開設了中國數學史講座。1957年中國青年出版社出版的《中國數學史話》，主要就是根據他在北京師範大學的講稿整理而成的。
錢寶琮長期在大學和研究部門工作，但他壹直十分關心中學的數學教育，並提出數學史研究的壹個重要目標是為中學數學教師服務。中學數學教師要教好學生，當然需要數學教學法，同時也應該知道數學發展史，例如要了解新的數學概念和數學方法是如何從實踐中來的，這些概念和方法產生的客觀條件和發展過程等等。顯然，具有廣博的知識背景才能將數學課講得更加生動，清晰和透徹，從而提高教學水平和教學質量。他認為師範院校應該開設數學史課，但因為現在沒人教，也沒有好的參考書，所以還開不成。因此，他提出要編寫壹部世界數學史，把重點放在初等數學的發展史方面，主要說明中學數學教科書（包括算術、代數、幾何、三角、解析幾何）中的教材的來源，以供中學數學教師參考。後來，他親自編寫出《算術史》，又組織青年數學史工作者編寫出《代數學史》和《幾何學史》。但遺憾的是，這幾部書稿由於種種原因而未能正式出版。
中國數學史是壹個重要的和很有特色的研究領域。80年代以來，國內外學術界對於中國數學史的研究是相當活躍的，數學史研究隊伍不斷地壯大起來，許多高等院校及各個領域專職的或業余的數學史工作者，在錢寶琮等前輩數學史家奠定的堅實基礎上，又作了大量工作，取得了許多重要成果，還編寫出適應於各種需要的數學史專著和教材，使數學史領域出現了前所未有的欣欣向榮景象。1992年8月在北京，國際數學史學會、中國科學技術史學會、中國數學會和中國科學院自然科學史研究所聯合舉行了《紀念李儼錢寶琮誕辰100周年國際學術討論會》，以紀念這兩位著名數學史家的傑出貢獻。