雙博館的前身是揚州博物館。揚州博物館的歷史最
早可追溯到1951年建立的揚州“文物館”及同年籌建的“蘇北博物館”。經過60多年的發展，揚州博物館已成為國際、國內頗有影響的藏品豐富、功能齊全、具有鮮明地方特色的綜合性博物館。2003年8月經國務院批準成立揚州中國雕版印刷博物館，將揚州廣陵書社收藏的30萬片古籍版片並入揚州博物館，建立揚州雙博館。揚州雙博館工程於2003年10月18日正式開工，2004年4月15日主體工程封頂。2005年4月18日，土建工程竣工。同年10月9日，雙博陳展工程竣工並全面對外免費開放。