在2010年全球最著名的兩大科學期刊之壹《自然》雜誌發布的《自然出版指數2010中國》報告中，廈門大學的科研實力在全國所有科研機構中排名第9。根據權威國際學術期刊《自然》發布的《自然出版指數2011-中國》報告，廈門大學在中國十大科研機構中排名第六。截至2016年3月，學校擁有200多個研究機構，其中國家協同創新中心2個，國家重點實驗室4個，國家工程實驗室1個，國家工程技術研究中心1個，國家地方聯合工程實驗室3個，教育部重點實驗室5個，教育部工程研究中心3個，人文社會科學重點研究基地5個。廈門大學國家大學科技園是福建省僅有的兩個獲得科技部和教育部認可的國家大學科技園之壹。
學校還設有廈門大學國情研究院、廈門大學公共政策研究院、廈門大學知識產權研究院、廈門大學王亞南經濟研究院、廈門大學財務管理與會計研究院、廈門大學國際法高級研究院、廈門大學教育研究院、廈門大學臺灣省研究院、廈門大學南洋研究院、 廈門大學兩岸發展研究院、廈門大學南海研究院、薩本東微納科技研究院。 有廈門大學仿生與軟材料研究院、海洋與海岸帶發展研究院等14研究機構，也有兩岸關系和平發展協同創新中心、能源材料化學協同創新中心等科研平臺。固體表面物理化學國家重點實驗室、近海海洋環境科學國家重點實驗室、細胞應力生物學國家重點實驗室、分子疫苗科學與分子診斷學國家重點實驗室國家工程研究中心國家傳染病診斷試劑與疫苗工程技術研究中心國家工程實驗室醇醚酯化學清潔生產國家工程實驗室國家地方聯合工程實驗室國家天然產物源靶向藥物地方聯合工程實驗室、 新能源汽車供電技術國家和地方聯合工程實驗室、教育部光譜分析與儀器重點實驗室、教育部水聲通信與海洋信息技術重點實驗室、教育部濱海濕地生態系統重點實驗室、教育部高性能陶瓷纖維重點實驗室、計量經濟學重點實驗室、廈門大學歷史學院、教育部批準的研究機構、 廈門大學人類學研究所、廈門大學中國語言文學研究所、廈門大學華僑教育研究所、廈門大學經濟研究所、廈門大學宏觀經濟研究中心、廈門大學會計發展研究中心、東南亞研究中心、廈門大學馬來西亞研究院(中國)、廈門大學高等教育科學研究院、廈門大學高等教育發展研究中心、廈門大學臺灣研究中心、 教育部微納光電材料與器件工程研究中心、教育部電化學技術工程研究中心、教育部物理化學研究所、教育部寄生動物學研究室(廈門大學)、教育部細胞生物學研究室(廈門大學)、廈門大學亞熱帶海洋研究所、中國海關史研究中心、全國農村社會保險研究中心(受勞動和社會保障部委托)、 福建省分子診斷重點實驗室、教育部工程研究中心、福建省等離子體與磁振動研究重點實驗室、福建省半導體材料與應用重點實驗室、福建省高校微納系統重點實驗室、福建省高校化石能源化學與化工重點實驗室、福建省化學生物學重點實驗室、福建省高校無機化學與功能材料重點實驗室、福建省高校特種陶瓷重點實驗室、 福建省特種先進材料重點實驗室、福建省制藥工程實驗室、福建省高校生物醫學工程重點實驗室、福建省亞熱帶濕地生態重點實驗室、福建省資源微生物重點實驗室、福建省神經退行性疾病與衰老研究重點實驗室、福建省眼科學與視覺科學重點實驗室、福建省陸海界面生態環境重點實驗室、福建省阻燃材料重點實驗室、福建省類腦智能系統重點實驗室、 福建省器官與組織再生實驗室、福建省材料基因工程實驗室、福建省柔性功能材料實驗室、福建省智慧城市感知與計算實驗室、福建省新藥靶點研究中心福建省經濟研究中心(省校* * *)建設、福建省婦女發展研究中心(省校* * *)建設、福建省半導體照明工程技術研究中心、廈門大學集成電路設計工程技術研究中心、福建省醫學分子病毒研究中心、福建省抗癌研究中心、 福建省濱海濕地保護與生態修復工程技術研究中心、福建省陶瓷纖維工程技術研究中心、福建省納米制造工程技術研究中心、福建省核能工程技術研究中心、福建省數據挖掘研究中心、福建省立法研究中心截至2014年2月，福建省財稅法治研究中心館藏資源為14， 廈門大學圖書館紙質藏書481.8萬冊，電子藏書443.2萬冊，總藏書925萬冊。另外訂購了6萬種在線電子期刊，其中中文期刊2.8萬種，外文期刊3.2萬種。
圖書館文獻的收藏涉及各個學科，尤其是哲學、管理學、政治學、法學、經濟學、語言學、歷史學、數學、物理學、化學、生物學、海洋學、機械電子工程、計算機科學等學科。，在東南亞研究和臺灣研究的信息化建設方面具有鮮明的優勢。該館還擁有大量古籍、光盤、錄音帶、縮微膠卷等資源，是全國重點古籍保護單位。
該館是中國高等教育文獻保障體系的主要成員館之壹。福建省文獻信息服務中心是中國人文社會科學文獻中心的學科中心之壹。與15個國家和地區的200多所高校圖書館建立了館際互借和出版物交換關系，教育部在該館設有科技查新工作站。學術期刊《廈門大學學報(自然科學版)》創刊於1931。是由廈門大學主辦，在國內外公開發行的綜合性學術期刊(雙月刊)，是我國自然科學核心期刊。主要發表自然科學各學科的最新研究成果，包括基礎理論研究、應用基礎研究和高技術方面的學術論文。自1994以來，被引頻次和影響因子處於國內綜合性大學前列，被國內外多家核心期刊和數據庫收錄為發表源，多次被評為全國、華東地區和福建省優秀科技期刊。2001，入選國家新聞出版總署評估的“中國期刊方陣”；2003年被新聞出版總署授予“第二屆全國科技期刊100個重點問題獎”。2006年、2008年獲教育部科技司頒發的“中國高校優秀科技期刊”獎。2008年榮獲“首屆福建省十佳期刊”。2009年在全國高校科技期刊“三優”評選中被評為“編輯質量優秀的優秀期刊”。《廈門大學學報》(自然科學版)獲得2009年“第四屆華東地區優秀期刊獎”。2010獲“第三屆中國高校優秀科技期刊獎”。2011被評為“第二屆中國精品科技期刊”。2011在《中國學術期刊評價報告》(2011-2012)中被評為“中國RCCSE權威學術期刊”。
《廈門大學學報(哲學社會科學版)》是由廈門大學主辦、教育部主管的高水平綜合性哲學社會科學學術期刊。2003年底，入選教育部首批“哲學社會科學名刊工程”。清華大學中國學術期刊(光盤版)發布的《中國學術期刊影響因子年度報告(人文社會科學，2010版)》數據顯示，2009年，該刊被中國學術期刊綜合評價數據庫引用總頻次為3122，綜合影響因子為1.692，居全國人文社會科學綜合性期刊之首。此外，根據山西師範大學圖書館“高校文科學報論文統計與分析課題組”2001-2006年所做的統計報告，該刊在1998-2002年五年間的平均收錄率在全國文科學報中排名第壹，在2003-2005年三年間排名第四；其中2001第二，2002年第壹，2003年第二，2004年第五，2005年第三。先後入選《中國核心期刊概覽》(北京大學)、《中國人文社會科學核心期刊》(中國社會科學院)、《中國社會科學引文索引(CSSCI)精選期刊》(南京大學)等各類文科國家級“核心期刊”和各類評價體系的源期刊。在各種期刊的評比中，也獲得了相應的榮譽。在《中國人文社會科學報》舉辦的四屆全國文科學報評選中，均獲得最高獎；近年來被評為“華東地區優秀期刊”、“福建省首屆十佳期刊”。