始自南宋俞鼎孫的《儒學警悟》與左圭的《百川學海》。到了清代，所刻愈多而愈精，***編選也各有特色，各有側重。這些叢書，凡比較重要的，都已收入《叢書集成》之中。
據商務印書館原書目凡例介紹：“初編叢書百部之選擇標準，以實用與罕見為主；前者為適應要需，後者為流傳孤本、”收了很多著名的叢書，還有不少不易找到的筆記雜說。這百部叢書，以刊本朝代分，宋代三種，元代—種，明代二十五種，清代七十壹種；以叢書性質分，普通叢書八十種，專科叢書十二種，地方叢書八種。《叢書集成》匯集的百部叢書，原收書約六幹種，二萬七千多卷，刪去重復，實存書約四千壹百種，約二萬卷。以種數計，多於《四庫書》著錄的十分之二，字數則約相當於《四庫全書》的三分之壹。
當時，商務印書館印有《叢書集成初編目錄》，為所收的壹百部叢書寫了提要，並分類列出所收的子目。但《目錄》所著錄的和實際出版的不完全相符，因為有壹部分沒有出成。1960年，上海古籍書店將《叢書集成初編目錄》修訂重印，壹壹列出各書的編號，對未出的書亦壹壹註出，還有書名索引。