《史記·太史公自序》載：“遷生龍門，耕牧河山之陽。年十歲則誦古文。二十而南遊江、淮，上會稽，探禹穴，窺九疑，浮沅、湘。北涉汶、泗，講業齊魯之都，觀夫子遺風，鄉射鄒嶧;厄困蕃、薛、彭城，過梁、楚以歸。”
司馬遷出生於龍門，他的祖父司馬喜則在漢文帝頒布的政策下，用4000石栗米換來了壹個九等五大夫的爵位，因此全家都被免除了徭役;其父司馬談在漢武帝建元、元封年間擔任了太史令，從而接觸到了大量的圖書文獻。
司馬談知識淵博，便親自指導司馬遷讀書，所以司馬遷10歲便已經可以閱讀《尚書》、《左傳》、《國語》等古籍，20歲時開始遊歷天下，增長了見識。
公元前110年，司馬談病重，臨終前交代司馬遷說：“我們的祖先便是周朝的太史，我死後，妳繼為太史，就可以接續我們祖先的事業了。”因此司馬遷子承父業，成了壹名太史令。
並且因為是在長安任職，司馬遷也結識了許多名士，如西漢初年著名政論家賈誼的孫子賈嘉、西漢開國大將軍樊噲的孫子樊他廣等，而司馬遷的妻子柳倩娘是西漢名將李廣的外孫女，其父柳振庭則是壹名喜愛書畫的讀書人。
因著父親的關系，柳倩娘才華橫溢、能文能畫，對知識淵博的才子更為欣賞，從表兄李陵那讀了司馬遷所作的文章後，便希望與司馬遷見上壹面，李陵與司馬遷的交情很好，也很欣賞司馬遷的為人，因此樂得促成這樁喜事，而在李陵的牽線下，司馬遷迎娶了柳倩娘。
婚後夫妻倆感情甚好，琴瑟和鳴，過著神仙眷侶般的生活，但在公元前99年，李陵兵敗浚稽山後被俘，有人則趁機落井下石，而漢武帝聽信訛傳，夷滅李陵三族。
而在群臣的聲討中，只有司馬遷為李陵極力辯解，說：“李陵侍奉親人孝敬，與士人有信，壹向懷著報國之心……我看李陵並非真心降敵，他是活下來想找機會回報漢朝的。”
司馬遷入獄後，柳倩娘積極施救，但家裏實在拿不出五十萬錢為司馬遷免罪，最終司馬遷被處以了腐刑，這是壹種極其羞辱男人的刑罰，於是就有人勸柳倩娘離開司馬遷，另擇壹位身體完整的男人。
但柳倩娘並沒有因此離開司馬遷，甚至沒有小瞧司馬遷，也是在柳倩娘的不離不棄下，司馬遷又想起了父親的話，於是投身於《史記》的撰寫中。
值得壹提的是，司馬遷遭受腐刑時已經四十多歲，有2個兒子和1個女兒，兩個兒子在其受刑後均改了姓氏，過著隱姓埋名的低調生活，而司馬遷的女兒則是嫁給了丞相楊敞，楊敞還是弘農楊氏第壹世祖。
司馬遷死後，《史記》便藏匿在了女兒、女婿家中，而司馬遷的外孫楊惲在漢宣帝年間受封為了平通侯，於是將《史記》進獻給了漢宣帝，《史記》因此重見天日，流傳至今。