1959年，吳釗大學畢業。作為北京古琴研究會副會長的恩師查阜西，壹心想招吳釗做他的助手。這時，擔任中國音樂研究所所長的楊蔭瀏開始勸查阜西：“妳想招助手，中央音樂學院古琴專業有個學生也不錯，妳等壹年就行了。吳釗呢，我要調他來研究所，和我壹起研究中國音樂史。以吳釗的稟賦、藝術修養和傳統文化根底，他在這個位置上能更多發揮他的特長。”就這樣，吳釗到了中國音樂研究所（中國藝術研究院的前身）做研究實習員，和自己的老師壹起，鉆研音樂古籍；深入中國民間和邊遠山區音樂生活的基層進行調查研究，開始了他壹生中國音樂史研究的工作。