經部為綠色，史部為紅色，子部為藍色，集部為灰色。
據記載，封面的這種創意是總纂官陸錫熊想出來的。
在全書抄寫近尾聲時他向乾隆建議，《四庫全書》卷冊頗多，四類書若用不同顏色封面裝幀，或可更利於翻閱。
乾隆最終聽取了陸錫熊的建議，決定用象征四季的顏色來表明類別。
經書居群籍之首，猶如新春伊始，當標以綠色；
史部著作浩博，如夏之熾，應用紅色；
子部采擷百家之學，如同秋收，白色為宜；
集部文稿薈萃，好似冬藏，適用黑色。
文溯閣本《四庫全書》用的顏色不是乾隆的“綠紅白黑”，而是“綠紅藍灰”，不知何故。
杭州文瀾閣本《四庫全書》的封面是“綠紅白黑”，與乾隆的決定壹致。