最能夠體現新版《陳寅恪集》在輯佚和增補方面的工夫的，是《書信集》。它收錄了作者致數十位親朋、學者及機構的二百余通書信，對於了解陳寅恪從事學術探索的環境和心態，了解他的性情與為人，都有很大的幫助。如果將《書信集》與陳寅恪的其它論學文字（包括大量的序跋和論文中的按語）結合起來研讀，壹個陳寅恪自己眼中的陳寅恪將比較完整地呈現出來。這對於了解其學術歷程至關重要。實際上這是新版《陳寅恪集》提供的壹個重要學術課題，有待研究陳寅恪及近代學術史的專家進壹步探究。該集的初步評介可參看錢文忠的書評。[5]至於其中壹些信函年代可考而未考的問題， [6]包括個別時間誤植的問題等，則都已經有人指出，茲不贅。
從三集《讀書劄記》與《講義及雜稿》中，可以看出陳寅恪後來成文的許多問題都已或多或少在讀書過程中提出，或者說他的主要論文都是讀書過程中積累起來的。由於許多在讀書和授課過程中經過認真構思的專題沒有整理成文刊行，所以其《讀書劄記》與《講義及雜稿》，對於我們了解陳寅恪的學術就顯得更加重要。此外，《讀書劄記》所錄讀史眉批按語，更直接地表現了其觀察視角。陳寅恪的思維方式並非從幹嘉學派繼承來，不是細密考證的歸納方法，而是帶有強烈的西方邏輯推理色彩的演繹方法。
《讀書劄記壹集》是作者讀兩《唐書》的劄記，反映出陳寅恪在研究方法上，壹方面註重宋人對漢唐故實的研究，如在《舊唐書》卷首空頁處註《石林燕語》關於宋代經筵進講漢唐故事的記載；另壹方面重視新史料的運用，包括敦煌文獻和石刻材料，如在高祖本紀之批註中引用敦煌寫本《唐忌辰表》和《金石萃編》所收大海寺唐高祖造像記等（頁26）。至於他所關註的內容，則涉及面非常廣泛。陳美延在《編者說明》中指出，“作者壹貫重視之民生、財政、胡族等問題，諸如霜儉、米價、汴路或追蹤黃頭軍、銀刀軍、沙陀、回紇阿布思來龍去脈等等均壹壹標出”（頁651）。除此之外，比較集中關註的問題依次還有李武韋楊婚姻集團、武則天與佛教、憲宗暴崩與順宗實錄、李德裕抑退浮薄與獎拔孤寒及山東舊門之好尚、唐代對外來文化的吸收、兩唐書所載與元白詩相關者、樞密使、宋人對三省制的議論、府兵制及其破壞、翰林學士、唐代開國背景及其與突厥之關系、山東豪傑、常何碑反映的玄武門事變真相、河北藩鎮及五代將帥的胡化與蓄養義子、飲茶之普及、武則天的革命及其社會意義等。大量的批語還標出了與唐代各種制度相關的名詞和概念。
《讀書劄記二集》涉及的史籍文獻有《史記》、《漢書》、《後漢書》、《晉書》、《後漢紀》、《資治通鑒考異》、《唐律疏議》等十九部，是作者研讀兩《唐書》之外的正史和其它與唐代相關文獻的讀書劄記。這說明陳寅恪並非真的不讀三代兩漢之書。遺憾的是大都沒有標出劄記所寫的時間。其《史記》、《漢書》、《後漢書》、《晉書》、《後漢紀》的劄記主要是對民族、宗教和文化的關註，包括後來成文的清談與清議、王導處理東晉政權與吳姓士族的關系等問題。《資治通鑒考異》的劄記，則多處指出司馬光的疏忽和失誤（頁99、101、103），其隋紀考異部分，則基本上是在做《說郛》本《壺關錄》的輯佚，考證出今本《壺關錄》乃後人掇拾而成，原書元時已佚（頁104—105）。批註《唐律疏議》，則意在證明隋唐制度承襲北齊而不承北周的結論，是對其《隋唐制度淵源略論稿》的補充。
《讀書劄記三集》涉及的是三部《高僧傳》，並附有《高僧傳箋證稿本》。壹般認為這是體現陳寅恪早年學問根基的成果，尤可顯現他的語言文字功力。劄記中標出了許多梵文、巴利文等外國文字，側重關註的問題則主要包括來華譯經高僧大德的國別與民族、不同佛經或教派之出處與傳播路線、佛學與魏晉玄學的高下之別、佛經翻譯問題及其解釋傳統、佛教思想對社會生活的影響、佛教名勝考辯等等。陳寅恪對僧傳下的功夫很深，並著手撰寫《高僧傳箋證稿》，可惜只完成了引論部分。劄記中對於佛教東傳、佛教理論及佛教史上的壹些重大問題，皆參引佛教典籍互相補正，互相解釋，是研究佛教史和研讀幾部高僧傳的重要參考書。陳寅恪對僧傳的史料價值高度肯定，對僧傳中體現的文化傳承十分重視，同時也針對其它研究者的錯誤予以批評。日本學者在佛教史領域的貢獻突出，但陳寅恪毫不客氣地指出境野《支那佛教史講話》中對《釋道猷傳》的誤讀“可笑”！）（頁136）。據楊聯升聽隋唐史的筆記，陳寅恪在課堂上對日本的所謂“東洋史”研究評價並不高。他說：“日本人常有小貢獻，但不免累贅。東京帝大壹派，西學略佳，中文太差；西京壹派，看中國史料能力較佳。”[7]
《講義及雜稿》主要是備課筆記和講義，以及未收錄於其自定文集中的壹些序跋文字，還有其夫人、助手和學生等人所做的聽課筆記、學生論文的評語等。但未收萬繩楠整理的《陳寅恪魏晉南北朝史講演錄》。[8]陳寅恪做備課筆記和講義，主要是匯編史料，所要表達的觀點並未明確標出，但參看所附幾則聽課筆記，則知其在史料匯編背後所要表達的觀點非常明晰。如講兩晉南北朝史時，明確強調司馬氏代魏是東漢儒家大族統治權的復辟，在講隋唐史時，指出唐詩可以增補武宗以後歷史的許多缺漏，並說李牛兩黨弄權，其實是兩黨宦官的鬥爭等等。陳寅恪治史的壹大特點，就是他對史料的考察視角。壹些學者曾提到過陳寅恪所選用的史料背後有其極強的主觀判斷在內。如本集收錄的陳寅恪在中山大學時為中國高等院校所編的《兩晉南北朝史》參考數據，此書印數原本不多，不易查考，今日重刊，恰可為考察陳寅恪研究魏晉南北朝史的思路提供幫助。本集的價值，不僅如《整理後記》中所說，可見其早年備課過程及授課所涉內容之壹斑，而且也有助於我們了解陳寅恪敏銳捕捉問題的意識和能力。提出的許多題目和史料線索，也是中國中古史研究不可忽略的重要前提。即使時至今日，拿陳寅恪當年備課筆記和講義中提出的問題和揭示的史料來衡量，某些人發表的論著仍然顯得落後。這也就是說，陳寅恪的備課筆記和講義仍然具有作為研究前提征引的價值。
結合陳寅恪的長篇論著和《讀書劄記》、備課筆記及講義，我們可以看出他關註的中國中古史的重大問題非常之多。至今還在影響著中國中古史研究的，至少還有如下數端。
關於《唐六典》的性質問題。至今仍是隋唐制度史研究的壹個難點和重點。陳寅恪雖然沒有系統的論文和專門的讀書劄記[9]，但他敏感地註意到這個問題的重要性，並標註出若幹關鍵史料。在《舊唐書．禮儀誌》載太常博士顧德章的奏議所引“定開元六典敕”之後，特別批出“六典”二字，註意到《六典》並非開元之法。[10]在讀《唐律疏議》的“書末補記”中，標出《玉海》卷五壹引韋述《集賢註記》關於《唐六典》的說法，“（開元）二十六年，奏草上（六典），詔下有司，百僚表賀。至今在書院，亦不行用”。並引用韋述自己在《集賢註記》序，證明其時在天寶十五年，說明整個開元後期和天寶時期，《唐六典》都置於集賢書院中而未行用。 [11]在《唐詩校釋備課筆記》中，陳寅恪引程大昌《考古編》九關於《唐六典》的若幹考評文字，提示程大昌對《唐六典》是否行用問題的關註和考證。程大昌壹方面“據（韋）述此言，即六典書成而不以頒用也”，另壹方面，據白居易〈陽城不進倭奴〉詩中所說“城雲臣按六典書，任土貢有不貢無”，陽城嘗援六典為奏，“豈是六典成而不用耶？”程大昌還據《新五代史·桑維翰傳」說明“六典之書，五代猶遵用之，不知韋述何以言不用也。元佑諸公議更元豐故事，則痛詆六典，以為未嘗頒用，殆有激而雲耳”。很明顯，程大昌的看法是《唐六典》是行用了的。陳寅恪很慎重，沒有遽下結論，而是在進壹步尋找數據考證，並加按語說明“杜牧上宰相求寧杭州書亦言及六典。余見四庫書目史部職官類提要”。[12]
關於武則天時代社會變革的性質問題。至今還在討論的“唐宋變革論”和中古史分期便與此有關。《唐代政治史述論稿》中指出，“故武周之代李唐，不僅為政治之變遷，實亦社會之革命”。這是從“關中本位政策”的崩潰立論的。在《新唐書．劉憲傳》記吏部糊名考判條後批註，“若糊名則不能論門第矣”。在講授唐代史時，特別強調武則天有許多改革，而體現為註重詩詞以打倒門閥的科舉制改革，更促進了政權社會基礎的擴大。 [13]
關於李德裕及其代表的社會階層問題。這是理解唐代社會結構及其轉型的關鍵問題。李德裕獎拔孤寒與強調朝廷顯官須是公卿子弟，表面看起來似乎矛盾。陳寅恪在多處關註此事，其實也已揭示出其中的奧蘊。在讀《舊唐書．武宗紀》的劄記中，多次引用唐人筆記說明“李衛公頗升寒素”，[14]在讀《新唐書》諸多列傳的劄記中，也都特別註意李德裕惡進士與山東舊門之好尚，《唐詩校釋備課筆記》又引《南部新書》載李德裕在涯州所作之詩。 [15]既然進士已由與李德裕另壹路線之高官把持，成為高級官僚世襲高位的工具，抑進士與獎拔孤寒就並不矛盾，而公卿子弟與進士浮薄之間則有矛盾。這種矛盾陳寅恪往往稱之為“氣類”之不同。孤寒與公卿子弟則不對立，“八百孤寒齊下淚”中的孤寒，有的當是李德裕強調的未“成名”的公卿子弟。
關於唐代的種族與文化問題。這是陳寅恪中古史研究的核心論題，也集中體現了其學術取向。此類問題的提出，是那個時代“道”與“治”、“國”與“學”等論爭背景下的結果，[16]其影響也壹直不減。[17]在《唐代政治史述論稿》的開篇，陳寅恪引用《朱子語類》所謂“唐源流出於夷狄，故閨門失禮之事不以為異”，指出此簡略之語句“亦含有種族及文化二問題，而此二問題實李唐壹代史事關鍵之所在，治唐史者不可忽視者也”。實際上，種族與文化，正是陳寅恪以中國中古史為研究重心的學術取向的關鍵因素。新版《陳寅恪集》的《讀書劄記》和備課筆記、講義之中，種族與文化是最受關註的問題，許多地方都有助於進壹步探究陳寅恪的種族文化史觀，以及這種史觀背後的學術轉型背景。
宋代的文化有幾大變化：第壹有了印刷術，印書很方便了，人們得到書很容易，在唐代還比較難得；第二宋代的科舉制度與唐代不同，宋代的科舉制度采取壹系列的政策，就是要在各個階層當中選拔官員，科舉招的人也比唐代多多了。於是，有文化的人多了，但科舉取士的數目相對還是很少。那麽，有些人有點文化，但對做官絕望了，就會尋求另外壹種謀生方法——可能去為貴族服務，也可能去做幫閑，也可能去創作通俗文學作品。