呂澄自幼天資聰慧，刻苦向學，初級師範學校畢業後，便能獨力閱畢大英百科全書。而獻身佛法之刻苦修學，再加上出於宿慧之絕世天才，使得他精通梵、巴利、藏、日、英、法等各國語言，通過這些得心應手的基礎工具，呂澄在解讀、校勘梵、藏佛教原典方面取得了輝煌成就，並進壹步了解世界佛學研究動態，突破了中國學者向來依靠傳統華言譯本藏經進行佛學探源的局限。
壹九壹壹年，“中國近現代佛學之父”、金陵刻經處創辦者楊仁山居士逝世，歐陽漸（竟無）繼其業，負責刻經處的工作。壹九壹四年，歐陽漸在金陵刻經處設研究部，呂澄為第壹批學人。壹年後，呂澄赴日留學，進入日本高等預備學校深造，繼而在日本美術學院專攻美術。
壹九壹五年，呂澄因為與留日學生***同反對日本侵略中國而罷學回國。隨即為劉海粟先生聘任為上海美術專科學校教務長，先生時年僅二十歲。呂澄在上海美術專科學校任職約兩年，在此其間，他結合教學，先後編撰了多種美術專著。如：《美學概論》、《美學淺說》、《現代美學思潮》、《西洋美術史》、《色彩學綱要》等，於壹九三壹至壹九三三年間陸續由商務印書館出版。
二十世紀初，漢語思想界有範壽康、呂澄、宗白華等 大力提倡“生命美學”，而首先在美術領域提出改革口號的就是呂澄。壹九壹八年，呂澄在《新青年》第六卷第壹號上發表了壹篇題為《美術革命》的文章，指出對中西古今的美術要公允客觀地平等對待，特別是強調既要重視歐美美術的歷史變遷，也要研究時興的新派藝術及中國固有美術，這在中國美術界面對西方藝術的沖擊正仿徨、徘徊、無所適從之際，尤其顯得難能可貴。
“五四運動”時思潮紛起，人文宗教領域也全面展開了深刻的啟蒙運動，其中蔡元培提出的“以美育代宗教”口號影響亦深焉。其實陳氏之思想，最早是受呂澄的啟發而作的，陳獨秀親撰《美術革命·答呂澄來信》壹文，大聲疾呼要學習西方繪畫寫實的精神：“若想把中國畫改良，首先要革王畫的命。因為要改良中國畫，斷不能不采用洋畫寫實的精神。”若不打倒王畫，“實是輸入寫實主義改良中國畫的最大障礙。”
“美術革命”口號的提出，引起了中國美術界空前激烈的爭鳴，形成了“革新派”與“國粹派”兩大陣營。這兩派的力量懸殊是顯而易見的。“革新派”倚靠西方文明對中國傳統文化的強勢沖擊和“五四”新文化運動的歷史潮流，在當時占有壓倒性的優勢。
這倒引起了我的另壹個聯想：我們的教內信徒對李叔同的出演《茶花女》、畫西洋油畫、引用人體模特及創作西洋音樂等津津樂道，贊許他是藝術界的絕世天才，以至於後來成為弘壹法師的李叔同怎麽看都披蒙上了傳奇色彩。然而若論對美術史、藝術史、思想史的貢獻，兩人的高下自明。我這裏並非拿呂澄來貶低李叔同，只是想說弘壹法師並沒有想象的那樣“各個領域都達到了別人不能企及的高度”，作為壹個法師也不該有那麽濃重的神話色彩。
壹九壹八年，歐陽漸欲在刻經處籌辦“支那內學院”，呂澄應其邀請，到金陵刻經處研究部工作，協助竟無先生籌建支那內學院。從此以後，呂澄悉廢原有舊學，專心佛學研究，終生不逾。
壹九二二年，支那內學院成立，歐陽漸為院長，呂澄任學務處主任。因呂澄字秋子，歐陽漸嘗稱他為“鹙子”，鹙子是釋迦牟尼佛座下“智慧第壹”的弟子舍利弗的華言譯名，由此可見歐陽大師對呂澄的倚重。歐陽漸曾說：“先師咐囑漸十余年來，得超敏縝密之秋壹可以整理，得篤實寬裕之黃樹因可以推廣，吾其庶幾乎！”
支那內學院刊印的《藏要》和其他各種佛典，是漢語佛教界迄今校勘最為精善的佛典版本，是內學院對近現代佛學發展作出的重大貢獻。這壹工作是由竟無先生發起、主持的，他親自為其中的二十多種經論寫了極有學術價值的序言，而各經論的校勘工作，則委托給了呂澄。《藏要》的校勘、出版，呂先生出力最多，貢獻最大。誠如竟無先生所說的：“若夫繼往開來之事，***建邦家之基，住寧二十五年不出戶庭，蛩巨不離者，有呂秋壹，《藏要》成，教義明，圖書聚，修綆得。”（《經版圖書展覽緣起》）
除行政教學工作外，呂澄還從事了大量的基礎佛學研究、佛典校勘與經籍整理的工作。這段時期，呂澄撰寫《雜阿含經刊定記》、《聲明略》、《佛典泛論》、《佛學研究法》、《印度佛教史略》和《因明綱要》。
壹九二五年，呂澄又協助竟無先生在內學院研究部中創立了“法相大學”部，第壹批招生達六十四名之多。呂澄在開學典禮上作重要講演，闡明創立法相大學之宗旨是求“純正佛法之全體”，而“並不拘限於法相壹宗”。
壹九二六年後，由於“北伐”方酣，支那內學院和當時另壹佛學研究重鎮武昌佛學院都先後為軍隊占用而停辦，上百多間房舍的金陵刻經處只留下存放經書及日常作息的空間，支那內學院也只剩下呂澄和邱曦明陪侍歐陽漸，繼續研究工作。
壹九三七年，中日戰爭爆發，未幾，戰火蔓延到南方。歐陽漸率領部份門人弟子由呂澄護送大批重要資料前往四川，在江津成立支那內學院的“蜀院”。蜀院並未招生，只是繼續著述研究工作。呂澄於處理院務之余，更全心投入學術研究。
壹九四三年二月，歐陽漸逝世，各方弟子回江津奔喪，門人組織院友會，公推呂澄繼任院長，王恩洋等擔任院友會理事。
呂澄繼師遺誌，繼續辦理蜀院，開始聚眾講學。他的授課方式與眾不同，他將佛學分成五科（後人稱其為“五科佛學”），以毗曇、般若、瑜伽、涅槃、戒律組成內學院院學。這個教學體系涵蓋整個印度佛學，可謂近代佛學教學史上的創舉。其間曾與華西大學中國文化研究所合編《漢藏佛教關系史料集》。在入川以後若幹年間，呂澄對梵文、藏文原典的解讀，深入堂奧，卓見特出。校勘藏文《攝大乘論》、《因明正理門論》，及梵文《楞伽經》等佛典，並完成若幹篇重要學術論文。
壹九四九年，新中國成立，翌年“支那內學院”改名為“中國內學院”，呂澄續掌院務。三年後（壹九五二年），該院院友會決議自行停辦，自此創立三十余年、有“中國第壹佛學院”之稱的支那內學院宣告解散。
壹九五三年，“中國佛教協會”在北京成立，作為發起人之壹的呂澄被選為常務理事。兩年後，斯裏蘭卡佛教徒為紀念佛陀涅槃二千五百年，發起編纂《英文佛教百科全書》，邀請各國佛教學者合作。中國佛教協會當即成立“中國佛教百科全書編纂委員會”，推舉趙樸初為主編，呂澄任副主編，聘請國內佛教學者撰稿，呂澄同時還編撰了百萬字的《中國佛教》。《英文佛教百科全書》成書後，世界佛教界公認中國佛教部分的稿件水平最高，為中國贏得了國際榮譽。
壹九五六年，呂澄任中國科學院哲學社會科學部委員，兼哲學研究所研究員。壹九六壹年，受科學部委托，呂澄在南京開辦壹個為期五年的佛學班，開設“中國佛學”和“印度佛學”兩門課程，後整理講課筆記，輯成《中國佛學源流略講》、《印度佛學源流略講》、《因明入正理論講解》等書。
壹九六二年，呂澄在整理佛典、編輯《藏要》的過程中意識到以往舊版《大藏經》存在著不少問題，遂發願編輯出版壹部超過中外歷代《大藏經》水平的《中華漢文大藏經》。翌年即開始編寫《新編漢文大藏經錄》，它是呂澄數十年讀經的心血結晶，不只將經籍內容分類，還勘同出壹百七十七部佛籍，歷時三年完成。後因大陸“文化大革命”開始，編印藏經的弘傳計劃被迫中止，如斯偉業，竟虧壹簣。
壹九六六年，受“文革”沖擊，佛學班停辦，多年研究成果資料亦散失殆盡。七十壹歲的呂澄遂避居江蘇故居，後再遷於北京清華園，直至壹九八九年七月逝世，這三十多年間形同退隱，不曾再有佛學著述問世。
如今，在中國大陸佛教界內部，呂澄的著作與“涉嫌封建迷信、邪教、偽經偽書、混淆知見的書籍”並列，禁止其在教內印刷和流通成為“維護正法”的壹種標記。
遺忘呂澄，是當今漢語佛學界最嚴重的缺憾。
呂澄畢生的佛學研究，就是為佛法正本清源。在與之相關的純文獻意義上的佛學研究中，最重要也是最關鍵的，是“佛經堪同”和“佛經辨偽”，呂先生壹人勘同出壹百七十七部佛籍，在佛學史上曠古未有，當今佛學界沒有不采納他的堪同成果的！
然而他在佛經辨偽方面的成就，卻引起了巨大爭議，以至於遭到教界的冷淡或拒絕。
呂澄的專著引起教內強烈反映的主要原因，看來並非緣於學術觀點不同——在學術思想界壹直有對佛教不利的觀點和專著（尤其是在極左的意識形態下），比如範文瀾的《唐代佛教》、胡適的禪宗研究（他完全否認六祖惠能的歷史地位，而將神會擡得無以復加）和他對《虛雲和尚年譜》的置疑等，也並沒有沒有使得教內那麽群情憤湧。
難道是呂澄的居士身份才引起了如此大的爭議？
至今學界和教界都對呂澄的居士身份表示認同，所以，呂澄的佛學成就並不是出自那些標榜“學術中立”的純粹學者之手，而是中國佛教內部的信仰者對於自身所處教義的全面反省。因此，我們不能單純地視之為學術界的研究成果。正因為呂澄的居士身份使教內異議者備感尷尬，所以攻擊他的人有意回避他的信仰者身份，說他只是壹個囿於考據的學者而已，沒有什麽佛教信仰，但是呂澄曾向他的重要論爭對象熊十力表示，他“所得者，心教交參，千錘百煉”，絕非熊氏想像的“治經論”三字便可了事。
我們必須認識到：孤立和封閉呂澄，並不能就此將他的佛學思想束之高閣或棄之如敝履，佛教界必須改變目前曖昧不明的態度，正視、直面呂澄留下的佛學遺產。