齋醮祈禱，古即有之。早在東漢以前，就有“齋戒”、“醮”、“壇”等的說法，這在《禮記》、《易經》、《高唐賦》、《史記》等書文中均有記載，說明道教齋醮科儀源於中國古代的祈禱儀式。
東漢時期，道教誕生之前，漢明帝永平八年(65)，朝廷曾下詔給楚王英，命其誦黃老之微言-，尚浮屠之仁祠，潔齋三月，與神為誓，道教誕生後，漢桓帝又親祠老子於濯龍，文廚為壇，飾淳金扣器，設華蓋之座，用郊天樂(見《後漢書》)。可見此時的齋醮祈禱不僅有了壇和供器，而且有了音樂——郊天樂。
東漢時，太平道已有向天祈禱和稱謝等儀式；五鬥米道亦有“塗炭齋”、“指(或作旨)教齋”等齋儀，祈禱者“黃土塗面，反縛懸頭”，儀式簡單。
另外，五鬥米道還有為病人請祈的“三官手書”，具體做法是：“書病人姓字，銳服罪之意。作三通，其壹上之山，著山上，其壹埋之地，其壹沈之水。”(見《三國誌·張魯傳》)此種科儀雖然十分簡樸，但已具備了齋醮科儀中表章的雛形。
據《魏書·釋老誌》記載，張道陵創教之初，因傳授《天宮章本》中的某些齋祠醮法，使弟子“各成道法”，於是，其事大行”。《天宮章本》可謂最早的科：醮書。
總而言之，這壹時期是道教科儀的開創階段，所以科儀在內容和形式上都十分簡單，但不可否認的是，齋醮科儀產生了。
東晉、南北朝時，齋醮科儀經上清派、靈寶派道士推演，逐漸形成整套的儀範和程式。東晉哀帝興寧二年(364)，魏夫人的弟子楊羲、許謐在茅山創建“上清法壇”，用“九老仙都君”印。東晉安帝隆安年間(397—401)，葛洪族孫葛巢甫撰著《靈寶經》30余卷，至南朝陸修靜再加增修，大行於世，在閤皂山建立“靈寶玄壇”，用“元始宗壇”印和“元始萬神”銅印。
北魏時期，道士寇謙之率先改革北方天師道，提倡禮度，改誦經“直誦”為“音誦”，從此齋醮誦經有了音樂的內容。寇謙之著《雲中音誦新科之誡》和《箓圖·真經》，使科儀得到了進壹步的發展和完善。
繼寇謙之後，南朝劉宋靈寶派道士陸修靜亦改革南方天師道，他在撰寫三洞經典的基礎上，修整了齋醮科儀。他曾撰著齋醮科儀百余卷，有關靈寶六齋、九齋、十二齋等不同齋儀及《升玄步虛章》等齋醮樂章多種。
經寇謙之和陸修靜整編修訂以後，齋醮科儀逐漸定型並走向完善。到隋朝時，基本上停滯不前，但仍受重視。
齋醮科儀歷經唐、宋、元各代，隨著道教的發展而盛行。
唐玄宗於開元十年(722)及二十九年(741)，詔兩京及諸州各置玄元皇帝廟二所，每年依道法齋醮。此間他還“於道場內親教道士步虛聲韻”，並詔道士司馬承禎、李含光等作《玄真道曲》、《大羅天曲》等。
唐武宗即位(841)，召道士趙歸真等八十壹人人禁中，於三殿修金箓道場。帝幸三殿，於九天壇親受法箓。
唐末五代道士杜光庭是道教齋醮科儀的集大成看，他搜集、整理、編纂、刪定了南北朝以來的各種科儀。在此基礎上又新修了《太上正壹閱篆儀》、《洞神三皇七十二君齋方懺儀》、《道門科範大全集》等科醮書多種，影響十分深遠。
北宋太宗、真宗、神宗、哲宗、徽宗各朝，宮中設醮，史不絕書：
真宗於大中祥符二年(1009)，令太常禮院詳定天慶道場醮儀，頒諸州。
徽宗於大觀二年(1108)，頒金篆靈寶道場儀範於天下，令道士依法奉行。
金元之際，京中宮觀、大邑名山(如龍虎山、悶皂山、茅山等)均有設醮者。不僅正壹派道士，而且全真派丘處機、王處壹，太壹道蕭誌沖、蕭居壽等，亦皆先後承金、元皇帝之旨而主醮事，齋醮遂為各派所習。
明代以後，道教轉衰，但齋醮科儀仍流傳於民間。此階段出租了許多民間宗教，流傳十分廣泛，許多齋醮科儀被民間宗教所吸收。同時有許多大型的齋醮科儀因無力承辦而失傳，小型的齋醮科儀因進壹步簡化而更適合壹般群眾的需要；故壹直流傳至今。
清代龍虎山上清官提點婁近垣，整編齋醮科儀12卷，輯集成《黃箓科儀》，成為近現代科儀的典範。