上帝看到了這壹切，他非常後悔造了人，對人類犯下的罪孽心裏十分憂傷。上帝說："我要將所造的人和走獸並昆蟲以及空中的飛鳥都從地上消滅。"但是他又舍不得把他的造物全部毀掉，他希望新壹代的人和動物能夠比較聽話，悔過自新，建立壹個理想的世界。
在罪孽深重的人群中，只有諾亞在上帝眼前蒙恩。上帝認為他是壹個義人，很守本分；他的三個兒子在父親的嚴格教育下也沒有誤入歧途。諾亞也常告誡周圍的人們，應該趕快停止作惡，從充滿罪惡的生活中擺脫出來。但人們對他的話都不以為然，繼續我行我素，壹味地作惡享樂。
上帝選中了諾亞壹家：諾亞夫婦、三個兒子及其媳歸，作為新壹代人類的種子保存下來。上帝告訴他們七天之後就要實施大毀滅，要他們用歌斐木造壹只方舟，分壹間壹間的造，裏外抹上松香。這只方舟要長300肘、寬50肘、高30肘。方舟上邊要留有透光的窗戶，旁邊要開壹道門。方舟要分上中下三層。他們立即照辦。
上帝看到方舟造好了，就說："看哪，我要使洪水在地上泛濫，毀滅天下，凡地上有血肉、有氣息的活物無壹不死。我卻要與妳立約，妳同妳的妻子、兒子、兒媳都要進入方舟。凡潔凈的畜類，妳要帶七公七母；不潔凈的畜類，妳要帶壹公壹母；空中的飛鳥也要帶七公七母。這些都可以留種，將來在地上生殖。"
2月17日那天，諾亞600歲生辰，海洋的泉源都裂開了，巨大的水柱從地下噴射而出；天上的窗戶都敞開了，大雨日夜不停，降了整整40天。水無處可流，迅速地上漲，比最高的山巔都要高出15肘。凡是在旱地上靠肺呼吸的動物都死了，只留下方舟裏人和動物的種子安然無恙。方舟載著上帝的厚望漂泊在無邊無際的汪洋上
上帝顧念諾亞和方舟中的飛禽走獸，便下令止雨興風，風吹著水，水勢漸漸消退。諾亞方舟停靠在亞拉臘山邊。又過了幾十天，諾亞打開方舟的窗戶，放出壹只烏鴉去探聽消息，但烏鴉壹去不回。諾亞又把壹只鴿子放出去，要它去看看地上的水退了沒有。由於遍地是水，鴿子找不到落腳之處，又飛回方舟。七天之後，諾亞又把鴿子放出去，黃昏時分，鴿子飛回來了，嘴裏銜著橄欖葉，很明顯是從樹上啄下來的。再過7天，諾亞又放出鴿子，這次鴿子不再回來了。諾亞601歲那年的1月1日，地上的水都退幹了。諾亞開門觀望，地上的水退凈了。到2月27日，大地全幹了。於是，上帝對諾亞說：“妳和妻兒媳婦可以出舟了。妳要把和妳同在舟裏的所有飛鳥，動物和壹切爬行生物都帶出來，讓它們在地上繁衍滋長吧。”於是，諾亞全家和方舟裏的其他所有生物，都按著種類出來了。後世的人們就用鴿子和橄欖枝來象征和平。
這就是“諾亞方舟”故事的由來，雖然是個傳說，但由於《聖經》中記載的很多事情都被證實是真實的，譬如，在壹次戰爭中，壹位軍官根據《聖經》中的記載，成功地找到了大山裏的壹條秘密小道，並通過這條小道突然出現在敵人面前，取得巨大勝利。如果能證明“諾亞方舟”也是真實的，那麽這個發現肯定將在全世界引起轟動。所以，很多年以來，許多國家的聖經考古學家 都希望揭開這個千古之謎。