日本國內最早提到《五行大義》的文獻，是成書於公元797年（延歷十六年，唐德宗貞元十三年）的《續日本紀》。該書卷二十“天平寶字元年十壹月”條（757）記載孝謙（稱德）天皇主持制定《諸國博士醫師任用法》。
其文是：敕曰：如聞。頃年諸國博士醫師，多非其才，托請得選，非唯損政，亦無益民，自今已（以）後，不得更然。其須講經生者《三經》，傳生者《三史》；醫生者《太素》、《甲乙》、《脈經》、《本草》；針生者《素問》、《針經》、《明堂》、《脈決》；天文生者《天官書》、《漢晉天文誌》、《三色簿贊》、《韓楊要集》；陰陽生者《周易》、《新撰陰陽書》、《黃帝金匱》、《五行大義》；歷算生者《漢晉律歷誌》、《大衍歷議》、《九章》、《六章》、《周髀》、《定天論》，並應任用。
天平寶字元年（757）提到的《五行大義》顯然是日本最早的壹個版本（以下略稱為“天平本”），並且它也可能是最接近蕭吉未刊原稿的壹個本子，對日本平安時代（794～1192）以後宗教思想與學術文化產生了深遠影響的，或許就是這個本子。成書於宇多天皇寬平三年至九年（891～897）的《日本國見在書目錄》，17 在第36類中著錄了“五行家”漢籍919卷，其中有“《五行大義》壹”（未提及作者）。“壹”，當為壹冊、壹部之意（如現存《常州先哲叢書》中的《五行大義》就是五卷壹冊），應該也是指天平本。當時日本的貴族、僧侶和政治家，多以能直接從《五行大義》中摘錄文句，作為政治、觀物、養生、服色、醫療、禮節、儀式的權威依據為時髦。中村璋八經過艱苦的努力，從日本許多古代典籍中搜尋《五行大義》的蹤影，發現了大量的線索。如平安前期，在《三代實錄》清和天皇貞觀十七年（875）陰陽寮的奏言中有“蕭吉九篇”的記載；在菅原為長的《管蠡抄》（成書於901～930年）中有《五行大義》四條引文；在具平親王的《弘決外典抄》（成書於991年）中有十二條引文；在惟宗允亮的《政事要略》（成書於壹條天皇年間，986～1011）殘卷中有四條引文和重要的發揮；在漢文詩人藤原公任（966～1041）的《北山抄》中有壹條引文。平安後期，在藤原賴長（1120～1156）的日記中有他閱讀和引用《五行大義》的多次記載。進入鐮倉時代（1192～1331），引用《五行大義》的範圍更為擴大，如在《諸道勘文》（平安末年輯，《群書類從》本）中有八條引文；在沙門信瑞的《凈土三部經音義集》（大正新修大藏經本）中有七條引文；在素寂的《紫明抄》（內閣文庫本）中有壹條引文；在《醫家千字文註》（續群書類從本）中有三條引文；在賀茂在方的《歷林問答集》（群書類從本）中有壹條引文；在在盛的《吉日考秘傳》（續群書類從本）中有三條引文；在豐原統秋的《體源抄》（古典全集本）中有四條引文，等等。鐮倉後期至南北朝時期（1331～1392），菅原、藤原兩個貴族集團甚至競相利用《五行大義》中的文句來確立年號，作為政治鬥爭的壹個重要手段。如菅原在兼根據《五行大義》“國家安寧，長樂無事”之句提出“安長”年號，藤原資名則根據《五行大義》“順天之化，長養萬物”之句提出“長養”年號。據《元秘抄》、《改元部類》（宮內廳書陵部）等文獻的記載，從花園天皇慶長元年（1311）開始，此類爭鬥***發生了15次。18天平本的原本估計已經失傳，但在流傳過程中派生了壹系列抄本。其中最重要的有以下四個本子：
第壹，元弘相傳本五卷（略稱“元弘本”）；
第二，天文抄本五卷（略稱“天文本”）；
第三，高野山舊三寶院本（略稱“高野本”），僅存第五卷；
第四，舊寶玲文庫本（略稱“寶玲本”），僅存第五卷後半部分。
日本的《五行大義》在傳播過程中***產生了天平本、元弘本、神宮本、天文本、陽明本、蔔部本、高野本、寶玲本、元祿本、佚存本等10種主要的抄本和刊本。其中最接近蕭吉所著、因而版本價值最高的天平本已經失傳。其余版本各有千秋，可互作參校。對中國文化界影響最大的，是屬於元弘本系統的佚存本。根據當時德川幕府的命令，《佚存叢書》被專程送到中國。中國現存的幾種《五行大義》版本，就是根據佚存本發展而來的。
中國最後壹次正式著錄《五行大義》的文獻目錄，是《宋史·藝文誌》，時間在1343～1345年間。在這之後，《五行大義》就銷聲匿跡，不見了蹤影。壹直到十九世紀初日本《佚存叢書》進入中國，人們才重新發現這壹與故土闊別460年之久的珍貴典籍所具有的巨大價值，於是迅速作出了反應。
清嘉慶九年（1804），德清許宗彥根據佚存本翻刻《五行大義》五卷（範氏古歡堂），這是自《宋誌》著錄《五行大義》以來中國人第壹次正式印行此書。此時距《佚存叢書》的印行僅僅5年。許氏《敘錄》稱：
《唐誌》“蕭吉《五行記》五卷”；《宋誌》“蕭吉《五行大義》五卷”，藏書家均未著錄。近日本國人刻《佚存叢書》，此書在焉，用活字印行，多誤舛。宗彥校其可知者，改定數十字，余仍其舊，俟知者而別梓之。?觀吉之書，文樸義質，徵事鹹有條理；秘文墜簡，多世希覯。推五行之數，合諸辰日、音律、性情、年命，曲而不枝，約而不僻。雖其麤涉津涯，未足究神秘、探奧跡，融暢於大道；以視術家所誦習，則倜然遠矣，豈可以傳世無緒、來自遠方而忽之哉？
嘉慶本以佚存本為底本，版式也與佚存本大致相同。雖然自稱“改定數十字”，但實際改動多達407處。
嘉慶十二年（1807），阮元編選《宛委別藏》進呈。原稿***174種，總目中有：“《五行大義》五卷，隋蕭吉撰，日本《佚存叢書》本”。據阮元為《宛委別藏》各書所撰之提要，22 稱：
是編日本人用活字板擺印。前有自序，稱“博采經緯，搜窮簡牒，略談大義，凡二十四段。別而分之，合四十段。二十四者，節數之氣；總四十者，五行之成數”雲雲。?今觀其書，文義質樸，徵引讖緯諸籍，有條不紊。且多佚亡之秘籍，尤非隋唐以後所能偽為也。
據《故宮善本書目》，《宛委別藏》160種藏於養心殿（目二函，書百函，***160種，其中由阮元所進者157種，與諸家所記不符，疑中有亡佚）；但民國二十四年（1935年）故宮博物院編輯、上海商務印書館影印出版《選印宛委別藏》40種時，因《五行大義》壹書已有嘉慶本等刊本傳世，故未收入。23 1988年，江蘇古籍出版社按原目錄影印《宛委別藏》120冊，收《五行大義》於第70冊。經筆者對勘，宛委別藏本與佚存本完全壹致，未作任何校勘，因而不應視為壹個獨立的版本。當然，在考察《五行大義》在中國的流傳過程時，阮元以其文壇權威的崇隆地位對《五行大義》所作的積極引介，還是很有意義的。在他的鼓吹下，《五行大義》的影響迅速擴大。與許宗彥、阮元同時的孫星衍“尤好斯學”，已藏有《五行大義》；24《續古文苑》卷十壹“序上”，則將“隋蕭吉《五行大義序》（日本國本）”作為古文範本予以鄭重推薦。25
嘉慶十八年（1813），歙縣鮑廷博編輯《知不足齋叢書》，收《五行大義》於第二十六集（略稱“知不足本”）。這是嘉慶本問世以來中國第二次正式刊刻印行《五行大義》。鮑氏作短跋於書後：
隋蕭吉《五行大義》失傳已久。近德清許氏得自日本《佚存叢書》中，既校而刊之矣，惜傳之不廣。因重壽梓，以公同好雲。
另據嚴壹萍《百部叢書·影印說明》稱：“知不足覆刊佚存而加校訂”，可知知不足本所用的底本還是佚存本。其版本的進步，體現在對底本又進行了壹次修改，***比嘉慶本多了24處。由於《知不足齋叢書》印行數量很大，《五行大義》對學術界，特別是對清代和近代的文獻考據學產生廣泛而深刻的影響。除前引陳喬樅《齊詩翼氏學疏證》、孫詒讓《劄迻》外，朱右曾《逸周書集訓校釋》、趙在翰《七緯》、黃奭《黃氏逸書考》、陳立《白虎通疏證》、王先謙《漢書補註》、汪宗沂《太公兵法逸文》、劉家立《淮南內篇》等，也都先後引用了《五行大義》。
光緒八年（1882），日本《佚存叢書》在上海由黃氏出版木活字排印本；光緒二十三年（1897），盛宣懷選輯編印《常州先哲遺書》，在第壹輯子部中再次收入《五行大義》（略稱“常州本”）。盛氏跋稱：