生活在現實中的人類抵抗組織隊長莫斐斯壹直在母體中尋找傳說中的救世主，於是在人類抵抗組織成員三位壹體的指引下，兩人相遇，尼奧也在莫斐斯的指引下回到了真實的現實，逃離了母體。
直到那時，尼奧才意識到他壹直生活在壹個虛擬的世界裏。真實的歷史是20XX年，人類發明了AI(人工智能)，然後機器人叛變，和人類爆發戰爭，人類節節敗退。
不得已，整個天空都被烏雲籠罩，以切斷機器人的能量(太陽能)。誰知機器人研發出了壹種新的能源——生物能，利用基因工程人工制造出人類，然後連接到母體中，讓他們在虛擬世界中生存，獲得額外的能量。尼奧就是其中之壹。
知道這些後，尼奧加入了人類抵抗組織。在莫斐斯的訓練下，他逐漸成為壹名強大的“黑客”，並逐漸顯露出與其他黑客的不同，這讓莫斐斯更加確定自己就是救世主。這時，人類抵抗組織中出現了叛徒，墨菲斯被捕，尼奧救出了墨菲斯。
但在逃跑的過程中，他被黑客帝國的“殺毒軟件”特工史密斯殺死了。因此，吉尼奧德獲得了新的力量。這時，現實世界中的三位壹體與他親密交談，深深親吻。在感受到現實世界的深情後，Neo像頓悟壹樣復活了。
復活後的Neo對自己的“救世主”身份毫不懷疑，意識到自己有能力改寫母體中的程序。他立刻入侵了特勤局的壹個程序——史密斯，讓史密斯消失得無影無蹤，其他特勤局程序聞風而逃。
擴展材料“The Matrix”的英文名是The Matrix。導演在片名中已經給大家解釋過了:整部電影都是圍繞《黑客帝國》展開的。但在引進中國後，電影的片名被翻譯成了《黑客帝國》，吸引了大量觀眾，但很多人看到片名時下意識地認為這是壹個關於電腦黑客的故事。
在電影中，“黑客帝國”是壹個虛擬的世界程序，全人類的思想都與之相連。是人工智能創造了“矩陣”。他們創造了維持人類生存的“矩陣”，維持人類生存的目的是獲取人類的電作為他們的能量。