馬學良先生是我國少數民族語言文字、彜族古籍與文化、民間文學及雙語教學和研究的先驅，他的壹生是為我國的民族文化與教育事業做出卓越貢獻的壹生。各民族深厚的文化蘊藏是他創造豐功偉績的土壤，中央民族大學是他取得輝煌成就的基地，等身的學術論著與薪火相傳的各民族學子是他辛勤耕耘的碩果。
他長期從事漢語與少數民族語言的教學與研究，尤其是對彜語的研究更具有開拓性。他的《撒尼彜語研究》（商務印書館，1951年）是壹部系統深入地研究彜語語音、詞匯、語法的著作。這也是我國學者研究彜語的第壹部較全面的學術著作。他最早指出彜語有松緊元音的對立。他研究彜文註意結合彜族的風俗習慣、神話傳說、社會歷史、生活習俗、宗教迷信等來進行，發表了《從彜族氏族名稱中所見的圖騰制度》《茂蓮社區的男女夜合》等壹系列論文，並翻譯了《倮文作齋經譯註》（《歷史語言研究所集刊》1949年第14本）、《倮文作祭獻藥供牲經譯註》（《歷史語言研究所集刊》1948年第20本上）等。這兩部經典是研究彜文和了解彜族社會歷史及宗教的重要文獻。
他註重語言的比較研究，將漢語與同語系的其他語言進行比較，著有《我國漢藏語系語言元音的長短》（合作，《中國語文》1962年第5期）、《〈切韻〉純四等韻的主要元音》（合作，《中國語文》1962年第12期）等，提出了漢語的元音在歷史上曾經分長短的觀點。這不僅對壯傣、苗瑤語族語言的語音研究有參考價值，也為漢語語音史的研究提供了研究線索，開創了利用有關的少數民族語言材料研究古代漢語聲韻的壹條新路。
他寫的《彜語“二十”“七十”的音變》（《民族語文》1980年第1期）壹文，從音變現象入手，說明通過與同語族的藏緬語進行比較，認為古彜語的“二”和“七”可能也有輔音韻尾。現在彜語支語言沒有輔音韻尾，是後來語音演變脫落的結果。文章引起國內外藏緬語族研究者的重視。他曾參加並指導對苗族、瑤族語言的調查工作，並幫助苗族創制拼音文字。
此外，他還著有《貴州省東南部苗語語音的初步比較》（合作，《語言研究》1956年第1期）、《語言調查常識》（合作，中華書局，1956年）、《語言學概論》（華中工學院出版社，1981年）、《建立有中國特色的民族語言學》（《民族語文》1991年第6期）、《漢藏語系研究的理論和方法問題》（《民族語文》1995年第4期）、《世紀之交中國民族語言學的思考》（《中國民族語言學通訊》1996年）、《普通語言學》（合作主編並撰寫其中第10章，中央民族大學出版社，1997年）等許多論著。
他常年從事語言教學和學術活動，培養了壹大批民族語文工作者，為民族語言學研究的深入發展做出了自己的貢獻。中央民族大學出版社於1999年出版了《馬學良民族語言研究文集》。