蒙古國時期的軍隊,主要分成蒙古軍和漢軍兩大類。
蒙古軍以草原上的蒙古各部人為主體,按十進制編組成十戶、百戶、千戶,能夠動員的士兵大約有10余萬人。千戶是蒙古軍的基本軍事組織,由蒙古大汗指定功臣或各部的貴族作為千戶長,統率士兵作戰。壹部分千戶分屬於蒙古宗王(成吉思汗家族成員)之下,其他千戶分編成左、右兩翼軍,作為蒙古政權的主要軍事力量,由大汗任命的左、右翼萬戶長分掌。在戰爭中陸續被蒙古統治者招降和擄掠來的哈剌魯、畏兀兒、唐兀、阿速、欽察、康裏、回回、阿兒渾等族人(後來被統稱為“色目人”)中的丁壯,也大多“隸蒙古軍籍”,被編入蒙古軍中。
蒙古軍平時分布在草原上駐牧,戰時臨時召集。隨著戰爭的發展,蒙古統治者需要壹支蒙古軍隊長期留守中原、西域等地區,於是從蒙古各千戶中“簽發”出部分士兵,組成專用於軍事鎮戍的探馬赤軍。由於蒙古人大多不願意遠離草原,長期在生活環境不適應的地區作戰和鎮戍,所以在選調探馬赤軍時,各千戶往往以隸屬於蒙古軍籍或淪為私屬人口的外族人充任,造成了探馬赤軍復雜的民族成分。探馬赤軍被派出去鎮戍後,仍與蒙古各千戶保持著密切關系,屬於蒙古軍系統。