校勘記是記錄校勘內容與成果的文字，古人又名異文、考異或辨證、辨誤。其撰寫目的，壹則說明校改的依據和理由，增加校本的可信性；二則備列異同，供讀者分析選擇。撰寫校勘記，是校勘工作中的重要壹步。校勘的成果能否很好地反映出來，在壹定程度上取決校勘記的撰寫水平。
校勘的目的和體裁不同，出校的數量與校勘記的撰寫方法亦各不相同。但總的說來，應遵循以下原則：①凡改動底本上的任何壹個字，包括誤字、脫文、衍文、倒文等，均壹律出校記；②雖不改動原文，但若校出的異文有參考價值，如其義兩通，或多歧可存異者，亦應出校記說明。③凡作者引書或引事有誤，雖不可改動原文，但要出校記說明其誤。④凡作者避本朝名諱或家諱者，壹律不改，但對影響文義理解者應出校記說明。⑤各本之間的異體字、通假字、古今字、俗寫字，壹般不出校。⑥根據校書的目的和讀者群的不同，壹般普及性著作的出校應精少簡明，研究性著作的出校應廣博深透。
校勘記的撰寫，並非是簡單地分條過錄的工作。首先必須做到出校精要。這就需要對校勘所得進行分析歸納，對異文疑誤有所刪汰，從而確定哪些異文疑誤必須註出，對異文的質量和疑誤的價值進行恰當的估量，存精去蕪，得要而出，以免羅列無遺，煩瑣無用。異文都是有版本出處的，或出他本，或出他書。習慣上估量異文的質量，大多看版本是否為古本善本，是否為名家校本。其次必須對校記的行文進行加工。校記在行文上，宜用精練準確，簡明扼要。所以，在撰寫校記時，應註意以下幾點：
①提校之文不宜過長。壹般只提記需要校勘的字詞或文句。如《中醫古籍整理點校本編輯體例、抄寫規格和標點註意事項》雲：校勘、訓詁提示的字句，均不加引號。校勘記只提示與校勘有關的字數，不必提示文句。提示字句之下或後空壹格，寫註文或校記。提示語句過長者，中間可用刪節號》。 ②據校者應標記其名稱，版本或書名較長者宜采用簡稱，篇卷名稱過長者宜用卷次或篇次稱引。如《甲乙甲乙經》卷之壹五臟大小六府應候第五，可記作：《甲乙》卷壹第五。③行文時要註意文字精練，用詞準確。多采用淺近的文言撰寫，用語力求規範，盡量使用校勘術語。
完整的校記，在內容上應包括校、證、斷三個部分。所謂校，是指運用多種校勘方法通過比勘得到的異文或疑誤；所謂證，是指校者對異文、疑誤進行的分析論證；所謂斷，是指校者對是非正誤的判斷。如《針灸甲乙經校註》卷二第壹：雷公問曰：禁脈之言，凡刺之理，經脈為始，願聞其道。註雲：禁脈，原作禁脈，《靈樞》同。正抄本及《太素》均作禁服。《類經》卷七第壹註：'脈，當作服。即本經禁服篇。'《靈樞發微》：'按禁脈當作禁服。本經第四十八禁服篇雲：凡刺之理，經脈為始，營其所行，知其度量，內刺五臟，外刺六府。則此篇數語，乃出於禁服篇也。'按據以上諸者，當以作禁服為是。禁服，亦古醫書也。《靈樞》引非壹處，故據改。此段校文，包括了校、證、斷三個部分。但在實際撰寫的過程中，校記的內容可因校書的目的和讀者對象的不同而異，不必三者悉具。壹般說來，面向普通讀者的校記宜簡要，考證宜少；面向研究者的校記宜詳明，考證宜多。