早在新羅王朝(公元6世紀)就有獨島的記錄。512年，新羅王國智證王派遣了以夷斯夫將軍為首的探險隊駕駛航船開赴於山國，爾後該島處於新羅所屬國“於山國”的管轄之下，韓國漁民也曾駕舟至此島。在古代，獨島曾稱為三峰島，是流放罪犯的地方。又因島上巖石形狀像海獅，又被稱作“海獅島”。朝鮮王朝成宗時 (1471～ 1481年)，獨島稱之為於山島，屬於郁陵島群管轄。1667年日本在《隱州視廳合記》中，也承認獨島是韓國的領土。1896年日本外務省編輯的《朝鮮國交始末內深書》中，明確標明獨島是朝鮮所屬領土。1900年朝鮮末代國君高宗頒布第41號法令，宣布郁陵島等歸江原道三陟縣管轄。當時三陟縣將獨島命名為石島，後來又改名為獨島。獨島(Dokdo)是韓語郁陵方言對標準語石島(Sǒkto)的讀音，獨島、石島其實是壹個意思。
日本政府自1905年入侵韓半島以後，即宣告對獨島擁有自主權。1905年1月28日，日本內閣會議正式決定將過去的“松島”改稱為“竹島 (Take_shima)”，在行政上隸屬於島根縣管轄。同年2月22日，島根縣知事發布第40號告示宣布“隱歧島西北85海裏處的島嶼稱為竹島，並屬於本縣”，並於1906年4月通報當時的朝鮮政府，以此對外確定了竹島是日本的領土。
1945年8月15日日本戰敗投降。1946 年1月29日，盟軍最高司令官總司令部發表了有關從政治和行政上分離日本若幹周遍區域的決定書（通稱SCAPIN第677 號），並將此指令給了日本政府。該決定書的第3條明確規定把獨島（Liancourt Rocks）移送給了駐韓美軍政府管轄。1946年6月22日，在SCAPIN第1033號第3項中又作了進壹步規定：“今後日本的船舶及乘務員不得接近處 於北緯37度15分、東經131度53分的Liancourt Rocks（獨島）12海裏以內區域，並且對於同島不得進行任何形式的接近。”1948年8月15日隨著大韓民國政府的建立，獨島與其他領土壹同自動地歸於大韓民國政府，並由大韓民國政府行使主權。
1952年1月18日，韓國首任總統李承晚發表“關於毗連海域主權的總統聲明”，宣布對鄰接其領土半島和島嶼沿岸的大陸架及所屬範圍的全部海域行使國家主權，並明確有關經緯度坐標，確定上述毗連海域範圍，獨島被韓國劃歸為領海管轄。日本政府遂向韓國單方面宣布的“李承晚領海線”提出抗議，拒不承認韓國的領海線劃分法。1953年5月，日本趁韓戰仍在酣戰之際，曾派兵壹度占領了該島，並在島上建立了領土標誌碑。
當韓國方面得此消息後，居住在郁陵島上的韓國居民立即組成“獨島義勇守備隊”。1953年7月12日，在23 歲的洪淳七的領導下，韓國義勇守備隊開赴獨島，將日本軍人趕走。至此，獨島完全在韓國的實際控制之下。在現今行政區劃中，韓國將其歸為慶尚北道郁陵郡郁陵邑獨島裏1-37番地管轄。1956年李承晚政府派出海上警察守備隊，洪淳七結束了神聖的“守土護國大業”。為此，韓國政府向洪淳七頒發了勛章，以表彰他獨自守衛獨島長達3年8個月之久的愛國行為。自1957 年開始韓國在獨島修建永久性建築物，目前獨島東島上韓方設有1無人燈塔、2個瞭望哨所、3間房子以及各種天線和石碑等設施。 1981年底，韓國海軍人員還在島上修建了守島工事。
鑒此情況日本不能置若罔聞，自1954年以來，每年都向韓國政府遞交外交抗議文件,***計50多次，指出獨島是日本領土，韓國必須立即撤出該島。而韓國政府則壹再聲明，獨島是韓國固有領土。雙方各執壹詞，針鋒相對，誰也不想在領土問題上讓步。日本方面多次建議將該島爭議提交海牙國際法庭裁決，但韓國外交通商部認為“獨島問題已不是外交糾紛問題，而是主權問題”，以主權問題不容談判為理由予以斷然拒絕。
1965年6月，日韓邦交關系正常化，兩國壹致同意 “日韓兩國的所有紛爭，首先要通過外交途徑解決，外交途徑不能解決的，通過兩國政府認可的手段進行調解解決”。因此，日本政府提出與韓國就該島紛爭進行對話。但韓國官方則不容置疑地認為，“獨島自古以來是韓國領土，這個問題不能作為兩國紛爭進行對話”。
目前，韓國在獨島常年派駐34名武裝警察，同時配置了驅逐艦、快艇、直升機，並已開始在獨島興建永久性的碼頭。而日本從來也沒有放棄過對該主權的聲明。
日本文獻將獨島規定為韓國領土
日本明治時期國家文件明示獨島主權歸屬韓國
日本政府事實上已經承認1905年擅自將獨島(日本稱：竹島)編入島根縣的做法並不合法，而且獨島為日本固有領土的主張也純屬虛構。1877年明治政府在 “太政官指令”上明確承認“獨島和郁陵島不是日本領土”。太政官是日本明治時期最高國家機關，《太政官指令》是指太政官調查獨島和郁陵島歸屬主權問題後，於1877年3月向內務省和島根縣下達的國家文件。該文件中明確記載“獨島和郁陵島並非日本領土”。韓國學術界把該文件看作是日本政府正式承認獨島歸屬韓國的“具有決定性的歷史鑒證”。
日本外務省最近就此回復說：目前無法答復。日本外務省本次的回復事實上等於承認日本之前對獨島領土權的主張毫無根據。此前日本聲稱，至少到17世紀中葉日本對獨島進行了實效性支配並擁有領土權，而且1905年通過內閣決定再次確認了領土權。
韓聯社質疑書的主要內容包括：是否清楚《太政官指令》的存在；如果知道該文件，為何至今壹次也未提及與獨島領土權問題有重要關系的《太政官指令》；按照《太政官指令》，日本政府之前提出的“至少到17世紀中葉日本擁有獨島領土權”的主張等於虛構；1905年將獨島編入島根縣行政管轄內時，是否故意隱瞞《太政官指令》，等等。
韓聯社發去質疑書後，日本外務省數次表示“在研究有關問題等候答復”，壹再回避回答問題或拖延時間。直到60天後的11月13日發來答復說：知道《太政官指令》的存在；對於其歷史事實正在進行調查和分析，目前無法從政府的角度發表看法。
《太政官指令》中記載，“獨島和郁陵島並非日本領土”。
這是日本政府首次正式承認《太政官指令》的存在，並對此表明立場。韓聯社援引世宗大學壹位不願透露姓名的日籍教授的話表示，日本政府和禦用學者們在過去數十年壹直有意隱藏《太政官指令》的存在，隱瞞了國際社會以及日本國民。因為日本擔心，壹直以來主張的“獨島為日本固有領土”的說法被不攻自破。日本政府如果承認《太政官指令》，等於承認1905年將獨島編入日本領土是無視《太政官指令》的帝國主義掠奪行為，因此今後不能承認該指令，也不能反駁該指令。不過，日本也有可能拿出能夠抵充太政官文件的其他記錄，或編造有關事實。
韓國仁荷大學國際法教授李碩宇表示，韓日之間的獨島領土權紛爭從國際法來看，韓國必須證明日本1905年將獨島編入其領土時，獨島是韓國領土。《太政官指令》是支持韓方主張的決定性文件，相反對日本是“阿喀琉斯之踵”。
另外 106年前的1900年10月25日大韓帝國制定了“則令第41號”，規定獨島為郁陵島管轄區域。壹直研究獨島主權問題的世宗大學教授保阪祐二24日公開了日本人制造的2份古地圖復印件，其中獨島被標記為韓國領土。這次公開的地圖是日帝強占韓半島後將獨島劃為自己領土之前制作的，因此意義重大。
保阪教授公開的地圖是1882年“東京府士族（武士階級）鈴木敬作”制作的《朝鮮國全圖》和大須賀龍潭於1893年制作的 《大日本全圖》。兩個地圖都出自日本人之手，但《朝鮮國全圖》中標記了郁陵島（竹島）和獨島（松島），而《大日本全圖》中則沒有獨島和郁陵島。
雖然現在日本將韓國獨島稱作“竹島”，但是從17世紀中期到1905年為止壹直將郁陵島稱作竹島，將獨島稱作為“松島”。保阪教授稱：“日本地圖甚至在下端用四角形表示了1871年合並到本土的沖繩和1876年歸屬的小笠原諸島，但是沒有出現獨島和郁陵島。由此可以看出，日本主張的‘17世紀中期就開始擁有獨島 ’純粹是謊言。”
他還說：“在同壹時期日本人制作的韓國地圖中標記了兩個島正確的位置。這是當時日本社會承認郁陵島和獨島是韓國領土的證據。”保阪教授本月19日訪問了慶北郁陵島、獨島博物館，捐贈了兩個地圖的復印件。日本在1905年的閣僚會議中將獨島規定為無人島，並決定編入島根縣。此後才出現將獨島標記為日本領土的地圖。
其他記載獨島為韓國領土的日本古籍
《隱州視聽合記》(1667)，《朝鮮國交際始末內探書》(1869年日本外務省)，《太政宮決定書》 (1876年日本內務省)，《朝鮮東海岸圖》(1876年日本海軍省)，《日本戰爭實記》(1905年東京博物館)，《指導區域壹覽圖》(1936年日本陸軍參謀本部)。
中國古代地圖《朝鮮八道總圖》中獨島也標記為韓國領土
中國明朝使者董越於公元1488年遵照(英宗)皇帝的聖旨遊覽朝鮮疆土後制定了名為《朝鮮賦》的見聞錄。《朝鮮八道總圖》就記載於該見聞錄的第4~5頁。它可以證明獨島屬於韓國領土。《朝鮮賦》是日本於1717年在原版漢字上加上日語發音的手抄本,現珍藏於日本。