壹、 專著：
A、 個人專著
1、《田園詩與狂想曲--關中模式與前近代社會再認識》，1996年，中央編譯出版社。
2、《傳統十論》，2004年，復旦大學出版社。
3、《農村公社、改革與革命》（合著）， 1996年，中央編譯出版社。
4、《市場的昨天與今大：商品經濟、市場理性、社會公正》， 1998年，廣東
教育出版社。
5、《政府與企業以外的現代化：中西公益事業史比較研究》，浙江人民出版社，1999年；
6、《陜西通史·明清卷》，陜西師範大學出版社，1997年。
7、《陜西通史·宋元卷》，陜西師範大學出版社，1997年。
8、《陜西通史·魏晉南北朝卷》（合著），陜西師範大學出版社，1997年。
9、《南非之魂：曼德拉》（編譯），中國對外經濟貿易出版社，1998年。
參與撰寫的集體著作：
1、 王戎笙主編：《清代全史》第二卷，遼寧人民出版社1991年，（秦暉撰寫第二章）
2、 清史編寫委員會：《清代人物傳稿》中華書局1986年（秦暉撰寫《高氏傳》等部分欄目）
3、 郭琦主編：《陜西五千年》陜西師大出版社1989年（秦暉撰寫宋元明清部分約19萬字）
4、 趙文潤主編：《中國古代史新編》陜西人民出版社1989年（高等師範學院教材，秦暉撰寫清代部分9萬字）
5、 史念海等編：《可愛的陜西》陜西師大出版社1991年（秦暉撰寫宋元明清、歷代農民戰爭、思想文化部分）
古籍整理、點校
1、（明）吳珄：《柴庵疏集》、《記憶》（二種合刊）浙江古籍出版社1989年
二、 論文：
A. 農民學與農民史
1、《農民、農民學與農民社會的現代化》、《中國經濟史研究》1994年、1
2、《社會文化觀與農民文化論》、《陜西師大學報》1989年、1；又見《新華文摘》1989年、5
3、《封建社會的關中模式-土改前關中農村經濟研析之壹》、《中國經濟史研究》1993年、1
4、《關中模式的社會歷史淵源：民國之清-關中農村經濟與社會史研析之二》、《中國經濟史研究》1994年、3
5、《恰亞若夫與蘇聯20年代生產-組織學派》、《國際***運史研究》1989年、2
6、《碑縣殘碑與漢代蜀地農村社會》、《陜西師大學報》1987年、2
7、《中國農業發展的困境》、(香港)《二十壹世紀》1994年，總23
8、《離土不離鄉：中國現代化的獨特模式？--也談鄉土中國重建問題》、《東方》1994年、1
9、《古典租佃制初探-漢代與羅馬租佃關系比較研究》、《中國經濟史研究》1992年、4
10、《中國歷代土地制度與賦稅制度的演變趨勢》、《函授教育》1987年、2
11、《集體耕作與19世紀俄國土地公社》、《蘇聯歷史》1987年、2（譯文）
12、《向新經濟政策過渡時期的農民負擔狀況》、《蘇聯歷史問題》1986年、1（譯文）
13、《20年代的農業專家與土地整理》、《蘇聯歷史問題》1990年1-2（譯文）
14、《我的兄弟阿列克塞到農民烏托邦旅行記》、《蘇聯歷史問題》1990年、3（譯文）
B.古典經濟與古代社會
1、《漢金新論》、《歷史研究》1993年、5
2、《關於西漢五銖錢的流通問題》、《陜西師大學報》1988年、2
3、《關於建立古代社會形態學的壹些構想》、《天津社科學刊》1988年、11
4、《關於社會形態演進壹般規律的假說》、《天津社會科學》1989年、1
5、《唐代櫃坊為金融機構說質疑》、《陜西師大學報》1990年、2
6、《漢代古典借貸關系》、《中國經濟史研究》1990年、3
7、《關於古典經濟中的平均利潤率》、《中國經濟史研究》1990年、3
8、《漢唐商品經濟比較研究》、《陜西師大學報》1991年、2
9、《再論漢唐商品經濟之比較-兼答疑者》、《社會科學輯刊》1993年、5
C.明清史與農民戰爭
1、《清初聯明抗清與農民軍的獨立地位問題》、《中國農民戰爭史研究輯刊》第三輯，上海人民出版社1983年
2、《奉天玉和尚之謎（奉天玉為李占春考）》、《陜西師大學報》1983年、1
3、《禪隱夾山說及其學風》、《陜西師大學報》1984年、4
4、《奉天玉決非李自成之補證》、《李自成殉難通山史證（論文集）》武漢大學出版社1987年
5、《甲申前後北方平民地主的政治動向》、《陜西師大學報》1986年、3
6、《沙定州之亂與大西軍入滇》、《中國農民戰爭史論從》第五輯，中國社會科學出版社1987年，又載《張獻忠與李自成（論文集）》四川人民出版社1989年
7、《後期大西軍營莊制度初探》、《中國農民戰爭史論從》第五輯，中國社會科學出版社1987年
8、《大西軍治滇時期的農業》、《中國農民戰爭史研究集刊》第五輯，上海人民出版社1990年
9、《後明韓主烏有說》、《陜西師大學報》1992年、1
10、《白毛氈考》、《陜西師大學報》1993年、3
11、《李自成歸宿之謎》、《中學歷史教學參考》1985年、2
12、《清宮檔案與慈禧之謎》、《中學歷史教學參考》1985年、3
13、《李巖之謎》、《中學歷史教學參考》1986年、1
14、《英明的昏君-崇禎帝》、《中外歷史》1987年、2
15、《關於明代的倭寇問題》、《函授教育》1987年、2
16、《清代人口問題》、《函授教育》1987年、3
17、《關於賀珍與清初陜南抗清運動的若幹問題》，《清史論叢》第8輯，遼寧古籍出版社，1995年。
D、史學理論及其他
1、《範式危機還是前範式危機？》、《史學理論研究》1994年、2
2、《評文化決定論》、《文化研究方法論（論文集）》陜西師大出版社1992年
3、《評中國農民戰爭史-宋遼金元卷》、《東嶽論從》1992年、4
4、《好望降臨好望角：南非種族和解進程評述之壹》，《東方》，1994、5
5、《聖雄人格與和解進程：南非種族和解進程評之二》，《東方》，1994、6
6、《“大***同體本位”與傳統中國社會》，《社會學研究》，1998、5； 1999、3； 1999、4連載，又見《中國社會科學文摘》，2000、1
7、《從傳統民間公益組織到現代“第三部門”》，（香港）《中國社會科學季刊》，1999年冬季號。又見《中國社會科學文摘》，2000、2