南京中醫藥大學圖書館現有館藏中外文圖書、期刊合訂本及線裝古籍50萬冊。其中中醫藥圖書1.5萬種10萬余冊，中醫藥期刊與現代醫藥、生物學期刊等2754種，外文醫藥期刊現刊102種，現刊1100多種。建國後公開出版的中醫藥圖書入藏率95%以上，中醫藥期刊入藏率近100%。中文醫學期刊式索引保持建國以來的完整性與延續性。入藏期刊合訂本5萬余冊、民國期間圖書以及中醫古籍線裝書3000多種4萬多冊，珍本、善本古籍300種3000多冊。外文重要生物、醫學檢索工具配置齊全，具有20年以上綜合檢索能力。圖書館每年投入購書經費200～250萬元。
圖書館還配置有6000余種中外文參考工具書和古今大型叢書、類書,如《四庫全書》、《叢書集成》、《四部叢刊》、《民國叢書》、《中國地方誌集成》、《道藏》、《佛藏輯要》、《大藏經索引》、《古今圖書集成》等。經日常考察統計，相關專業壹次文獻保障率達80%以上。據國家中管局科研項目《中華本草》和《方劑大辭典》主編反映，兩書引用書的品種，我館入藏率達90%以上。
圖書館現有紙質中外文圖書、期刊65萬冊，其中古籍圖書3000余種4萬余冊；電子圖書79萬冊；中外期刊、專利、學位論文等35種數據庫。古籍資源以明初刻本、明孤本、明稀見刻本、未刊稿本、珍貴抄本、日本、高麗早期刻本等為主。圖書館通過權威數據庫引進、網絡開放存取資源組織、校內自有資源開發、館際資源交流與***享、特色館藏資源整合與開發等多種途徑穩步增加館藏數量，持續提高資源質量，已經初步形成了特色明顯、結構合理、體系完備的文獻資源體系。