敦煌文書據《催募經款草丹》，系清光緒二十六年五月二十六日(1900年6月22日)由看守莫高窟的道士王圓箓發現。無精密統計，壹般估計在四五萬件左右。看守莫高窟的道士王圓箓同壹楊姓抄經手在第十六窟幹活時，楊某將抽煙用的紙撚插入靠近窟門內部北壁的墻縫，不料紙撚陷入縫中。王、楊二人懷疑壁中可能另有壹洞，於是乘夜鑿壁，果然發現內有壹洞(即第十七窟)，裏面堆滿了成捆的古代文物和遺書。從此密封近千年的古代遺書重新面世。1944年在莫高窟土地祠塑像中、1965年在莫高窟第 122窟窟前遺址中又有少量發現。首批敦煌遺書被發現以後的最初幾年尚未引起轟動。1907年，英籍匈牙利人A.斯坦因在進行第二次中亞探險時到達敦煌，在翻譯蔣孝琬的協助下，利用王道士的無知和對宗教信仰的虔誠，采取欺騙手段，騙得敦煌遺書24箱，運回英國。斯坦因的“收獲”在西方立即引起震動，盜寶者以“探險家”的名義紛至沓來。經英、法、日、俄等國文化竊賊（斯坦因、伯希和、大谷探險隊、奧登堡等）盜劫,流失海外者甚多，其中絕大部分分藏於英國倫敦博物院圖書館、法國巴黎國立圖書館、蘇聯科學院亞洲人民研究所列寧格勒分所。加上零散的流移，敦煌資料目前集中收藏在英、法、日、俄、中等國以及分散在德國、丹麥、瑞典、美國、印度、韓國、香港等許多國家和地區。在國內，漢文卷子主要收藏於北京圖書館，編有館藏目錄《敦煌劫余錄》及其補編；藏文卷子主要收藏於甘肅省圖書館與敦煌縣文化館。