另壹種說，李斯壹直想把韓非留在秦國，然後在秦滅漢後為秦所用。但由於韓非的《韓非子》壹書中對皇帝和統治者的技巧分析透徹，秦王嬴政對他的才能感到害怕。此外，韓非提出的三條不利於秦國發展的建議和姚佳的陷害，使秦王囚禁韓非，嚴刑拷打。李四下定決心要救韓非。他幫助韓非在鄭獻上韓非名作《初見秦》，但鄭卻執意要除掉韓非。後來秦王應用韓非書中八經之三的“陰奸”之術，誣陷李斯，以不咎其責。李斯無奈之下，只好在韓非的飲食中下毒，讓韓非猝死。秦始皇三十四年(公元前213年)，淳於越站在儒家的立場上看待秦朝的政治，與秦始皇的思想和行為格格不入，使秦始皇大為不滿，把淳於越交給宰相李斯。李斯不同意淳於越的觀點，他向秦始皇解釋了他的觀點。李斯認為，由於時代的變遷，五帝三代的治國方式不同。三代人的做法不值得效仿。當時諸侯並列，互相爭奪，天下壹統。情況完全不壹樣，沒必要效仿古代。置過去於現在於不顧，擾亂民心。造謠惑眾、不利於統壹天下的言行必須禁止，否則會影響政局穩定，損害皇帝權威。最後，他把這壹切歸咎於讀書，建議秦始皇下令焚書。
除了季芹以外的史書，不是醫生(指掌管古今文史書籍的官員)藏起來的詩、書、百種語言，都要燒掉，只允許留下醫學、占蔔、植樹之類的書。秦始皇下令焚書，很多先秦時期的古文獻都被燒毀，給中國文化造成了巨大的損失。但另壹方面，秦始皇也在鹹陽皇家圖書館收藏了壹些禁書，保存了壹些珍貴的書籍。