公元前27世紀末，中國人的始祖軒轅黃帝誕生在曲阜壽丘。黃帝之後，少昊曾在曲阜建都。據傳說，少昊84歲，活了壹百歲。葬於曲阜市東北首丘雲陽山，與兩帝三王(堯、舜、禹、唐、)、周公、孔子同榮。
中國古代流傳下來的“三皇五帝”中，有四人在曲阜留下了活動的痕跡，創造了發達的古代文明。公元前21世紀左右，曲阜屬於古堯舜時代九州之壹的徐州。公元前16世紀以後的商朝，曲阜為國都，曾是商朝的都城。公元前1066年，西周的武王滅了商朝。封其弟兼王國宰輔於曲阜，即他最初當選的地方，並以魯立國。
公元前249年，楚國滅了魯國，建立了魯國。596年初，被命名為曲阜。
秦始皇二十四年(公元前223年)，秦滅楚，陸郡入秦。秦始皇二十六年(公元前221年)統壹中國，實行郡縣制，薛縣為魯，曲阜為郡。
漢景帝第三年(公元前154年)，漢武帝劉啟改於為淮南王，為魯王，定都魯郡。
隋文帝四年(584)，詔書改陸縣為“溫陽”，魯國滅亡後改為陸縣。到了年年底，曲阜以“魯”為縣名，延續了833年。
隋開帝十六年(598年)，改縣名為“曲阜”、“曲阜”，壹直沿用至今。
宋真宗改名為原憲縣。原憲縣是曲阜歷史上繼周、漢魯城之後的第三座古城。宋高宗建炎二年(1129)，遊牧民族南移，郡入晉，恢復曲阜郡舊名。
明朝六年(1511)，河北劉瀏、劉啟領導的農民起義軍“毀曲阜房屋數百間，燒關廟，郡治為市”。明武宗命山東巡撫在魯老城，即現存的明成祖故城的西南角，以夫子廟為中心，重建壹座新城。
清代曲阜地方建制與明代基本相同。
民國十七年(1928)，直屬於山東省管轄。29年(1940)，屬延吉路。民國三十四年(1945)，與泗水合並，成為曲思縣。民國三十五年(1946)，屈司分而治之。民國三十七年(1948)，屬魯中南行政區第四區，後改稱尼山區、藤縣區。同年，曲阜解放。
新中國成立後:1953，曲阜改為濟寧社。1958年與資陽合並，仍名曲阜郡。1962，屈、子分而治之，恢復原來的建制。1983，濟寧專署改為省轄市，曲阜仍屬濟寧市管轄。1986年6月改為縣級市，原稱曲阜市，由濟寧市管理。5438年6月+2000年2月，曲阜鎮撤銷，在原曲阜鎮行政區域內設立鹿城街道辦事處，辦事處駐原曲阜鎮人民政府。撤銷大學城，在原大學城行政區域內設立大學街辦事處，辦事處進駐原大學城人民政府；尼山鄉撤銷，行政區域並入南新鎮。