中醫藥科學研究在總體上可分為醫學研究和藥學研究兩大門類；根據研究性質又可分為臨床研究（應用研究）、基礎理論研究和開發研究三類。具體內容有：
①各科臨床研究。包括對內、外、骨傷、婦產、兒、眼、耳鼻喉、口腔、皮膚、腫瘤、肛腸等科的各種病證辨證論治規律的研究。
②著名中醫師臨床經驗的整理研究及對民間療法的繼承、發掘和整理研究。
③基礎理論的繼承和發展研究。包括對臟腑、經絡、氣血、營衛、津液、四診八綱、五運六氣等的研究。
④治則和治法的原理及應用研究。
⑤臨床辨證施護的研究。
⑥藥物基礎理論及應用的整理與提高研究。如中藥藥性理論、中藥種植、采獵、加工、炮制、中藥實驗藥理學及中藥資源、栽培、鑒定的研究等。
⑦方劑學的基礎理論及應用研究。如方劑配伍原理、劑型改革及制劑工藝的研究，藥品質量控制檢測原理研究等。
⑧中西醫結合防治疾病的臨床應用和基礎理論研究。
⑨中國醫學史研究。
⑩歷代醫學流派學術理論研究。a.醫藥文獻與古籍整理研究。b.醫藥情報信息研究。c.養生學及康復醫學研究。d.醫學工程學研究。如診斷、治療儀器的研究及電子計算機在中醫學的應用研究。e.計劃生育及優生優育的中醫藥研究。f.傳統醫學的衛生事業管理的研究。