唐會昌三年（843年），唐武宗李炎即位不久，當時如何修復與宦官的關系是擺在武宗面前的壹個問題。
唐朝自德宗之後，宦官掌管禁軍——神策軍，專權局面逐漸形成。此前，武宗之兄文宗曾命朝官謀劃“甘露之變”，從而引發了朝官和宦官的激烈沖突，文宗也因此被宦官軟禁。武宗是宦官仇士良所立。因此，武宗決定巡視左神策軍，其用意在於向宦官示好，而仇士良也正好順從聖意進而請求建立頌聖德碑以回應。神策軍碑因此而立。
神策軍碑的碑文記錄了回鶻汗國滅亡及安輯沒斯來降等事，本身就具有重要的歷史價值。而此碑由翰林學士承旨崔鉉撰文，集賢院學士判院事柳公權書寫，更增添了此碑的藝術價值。柳公權書寫的碑文，其書法結構嚴整，充分體現了“柳體”楷書骨骼開張、平穩勻稱的特點，加之此碑刻工精良，拓本與真跡無異，故後世奉為柳書代表作。
依慣例，此碑拓本曾頒賜群臣，但流傳不廣。原碑大約毀於唐末戰火，後世也便無從傳拓了，至今僅有國家圖書館現存的孤本傳世。北宋末期，趙明誠在《金石錄》中曾著錄有壹種分裝兩冊的《神策軍碑》拓本，這與國圖館藏恰好相同。因此，歷來猜測此本曾經由趙明誠、李清照伉儷珍藏。遙想當年承平之日，趙明誠、李清照以詩書、金石自娛，摩挲賞玩的珍品中也有這件《神策軍碑》拓本，真是令人神往不已。
趙氏收藏經靖康戰火而損失大半，劫余又流入權勢之家。國家圖書館珍藏此拓首有“秋壑圖書”朱文印，後有“封”字朱文印，知為南宋權臣賈似道所藏；後賈氏家產查抄入官，此拓成為南宋皇室藏品。今拓本為宋代內庫裝裱，大約重裝於此時。元朝滅宋，歸翰林國史院，鈐有“翰林國史院官書”楷書朱文印。明代洪武六年收入內庫,拓本末題有“洪武六年閏十壹月十八日收”泥金小字壹行。不久朱元璋賜給其子晉王朱棡,故首尾皆有“晉府書畫之印”、“晉府圖書”朱文印。明末,歸大收藏家孫承澤。清代又經梁清標、安岐、張蓉舫、陳介祺等遞藏。
此拓原本上下兩冊,不知何時失去下冊。清乾隆時安岐《墨緣匯觀》記載上冊尚全,原有五十六頁。至清末陳介祺後人轉讓此拓時,發現第四十二頁之後丟失兩頁,僅余五十四頁。民國時,經南方著名藏書家陳澄中收藏。1949年,陳澄中夫婦攜部分珍貴藏書定居香港。兩年後,傳言陳氏將出售藏書,並有日本人意欲收購的消息。時任文化部文物局局長的鄭振鐸獲悉後,決定不惜重金將這批珍貴古籍購回,當即通過香港《大公報》費彜民社長和收藏家徐伯郊會同國家圖書館版本目錄學專家趙萬裏與陳氏洽商,直到1965年成功地購回了“郇齋”所藏的善本,入藏當時的北京圖書館,其中就有《神策軍碑》。現在,作為稀世珍寶,《神策軍碑》仍藏於國家圖書館書庫中。