1、成書時間不同：《山海經》在司馬遷所處的時代就已經廣為流傳，由西漢末年的劉向、劉歆父子編訂，是先秦古籍；《淮南子》又名《淮南鴻烈》《劉安子》，由西漢皇族淮南王劉安主持撰寫，是西漢時期創作的壹部論文集。
2、內容不同：《山海經》是壹部富於神話傳說的地理書，記述古代地理、物產、神話、巫術、宗教等，也包括古史、醫藥、民俗、民族等方面的內容；《淮南子》在繼承先秦道家思想的基礎上，綜合了諸子百家學說中的精華部分。