據史料記載，1279年，元代著名天文學家郭守敬奉旨進行“四海測驗”，在南海的測量點就在黃巖島。這說明，中國至少在元代就已經發現並利用了黃巖島。而其時，菲律賓的本土居民尚處於原始部落時期。
黃巖島及其周邊海域漁業資源豐富，自古以來就是中國的傳統漁場，中國漁民世世代代在這片海域從事漁業生產活動。黃巖島也是中國人民在南海航行時進行避風、休息等活動的場所。現存的《更路簿》及有關中國古籍完整記載了中國漁民在黃巖島海域的航線。從元代以來，中國人民從未間斷在黃巖島及其周邊海域的活動，長期對黃巖島進行開發和利用。這壹史實為中國歷代的官方文件、地方誌和官方地圖所佐證。
20世紀30年代中期，中國政府內政部、外交部以及教育部等官方機構派員組成水陸地圖審查委員會，在該委員會審定公布的南海諸島132個島礁沙灘中，黃巖島作為中沙群島的壹部分被列入了中國版圖。1947年，中國政府內政部方域司審定公布南海諸島地名172個，黃巖島以民主礁的名稱，列在中沙群島範圍內。1948年，在中國官方印制出版的《南海諸島位置圖》中，黃巖島被明確劃入了中國南海傳統海疆線內。
新中國成立後，中華人民***和國政府關於南海諸島主權公告和聲明中均指出黃巖島領土主權屬於中國。中國政府長期行使和維護對黃巖島的領土主權及管轄權，黃巖島壹直不間斷地在廣東省、海南省的管轄下。20世紀80年代初，中國政府組織對南海諸島地名進行普查，1983年中國地名委員會受權對外公布“中國南海諸島部分地名”時，將黃巖島作為標準名稱，同時以民主礁作為副名。1992年頒布的《中華人民***和國領海及毗連區法》中的“領土條款”，明確規定黃巖島等島嶼是中國領土，重申了黃巖島等島嶼屬於中國領土的法律屬性。上述壹系列事實充分說明，黃巖島是中國的固有領土，中國對黃巖島擁有無可爭辯的主權。歷代中國政府通過多種形式管轄黃巖島，有效行使和鞏固了對黃巖島的主權，數世紀以來從未遇到過任何挑戰，並得到了國際社會的廣泛承認。
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