薩迦北寺沿仲曲河北岸修建。曾經有古絨森吉呀爾布頗章、森康寧巴（舊宮殿）、努·曲美增卡典曲頗章（勝樂宮殿）、細脫格筆瑪（細脫措欽大殿）、烏孜寧瑪祖拉康、烏孜薩瑪朗達古松殿、德卻頗章（又譯“德確頗章”）、朗傑拉康、都康拉康、玉妥拉康、夏珠拉康等主要建築，以及細脫拉章、都讓拉章、仁欽崗拉章、甘丹拉章、蘇康拉章、仲瓊拉章、紮木且拉章、堆敦塔、靈塔群、尼達拉章、夏旦拉章等附屬建築。薩迦北寺在文化大革命中遭到破壞，建築被毀，文物流散。到21世紀初，森康寧巴已經按照原貌修復，高三層，其中底層以甲央修行洞以及洞內的神水而著稱。
四大拉章中，有三座分布在薩迦北寺：
細脫拉章：細脫拉章長56.6米，寬40米，為壹長方形四合院，高四層***16.3米。原來該拉章是八思巴擔任薩迦法王時管理衛藏十三萬戶時的官邸，後來壹直是薩迦王朝的政府所在地，最終成為四大拉章之壹。
仁欽崗拉章：為八思巴時代的建築，規模很大，是四大拉章之壹。
都卻拉章：為八思巴時代的建築，規模很大，是四大拉章之壹。 薩迦南寺位於仲曲河南岸的瑪永紮瑪平壩上。傳說起初選擇南寺寺址時，僧眾和信眾壹致認為建寺壹定要有防守、防火功能，所以在本波山和巴欽頗章頂上各架起壹門火炮，朝山下射石頭選點，結果射出的壹塊石頭落在大殿門前左側，壹塊石頭落在大殿廣場中央，當即湧出泉水，大家認為這是祥瑞之兆，便決定在這裏建寺。1268年，薩迦第壹任本欽釋迦桑布（生卒年不詳）奉八思巴之旨，以傑日拉康為藍本，設計建造拉康大殿，後來歷任薩迦本欽（又稱“烏思藏本欽”，為元朝薩迦政權的首席行政長官）先後擴建，直到第九任本欽阿倫（生卒年不詳）任職時期，薩迦寺的建築工程才全面結束。
薩迦南寺平面呈方形，東西長214米，南北寬210米，占地面積44940平方米，建築結合了漢、印、藏建築風格，布局似壇城。拉康欽莫大殿的內城墻寬3米，高8米，內城墻四角有3到4層樓高的角樓，內城墻四面的中部均建有敵樓。內城墻的南、北、西三面無門，僅東面正中開有城門。外城墻稱“羊馬城”，是“回”形土築城墻，墻體低矮單薄，東面曾開有大、小兩座城門。外城墻北面緊鄰仲曲河，東、西、南三面外城墻外有護城河壕溝，護城河壕溝寬8米。
2005年至2007年的考古工作中，對薩迦南寺主要清理發掘了東面、南面、西面的羊馬墻以及護城河壕溝，還有東面的兩座門址。羊馬城城墻和護城河壕溝環繞在薩迦南寺內城的四周，羊馬城墻直接建在護城河壕溝內側之上，和內城墻***同構成立體防禦體系。