研究所下設科學數據研究室、情報研究室、文獻資源研究室、古籍資源研究室、多媒體資源研究室、信息技術研究室及編輯出版中心。現有職工155人。是國家教育部中醫藥圖書、情報碩士研究生培養點，是世界衛生組織（WHO）傳統醫學臨床與情報合作中心單位之壹，是全國中醫藥圖書情報工作委員會主任單位，國家中醫藥管理局中國中醫藥文獻檢索中心，是國家科技部科學數據***享平臺—醫藥衛生科學數據管理與***享服務網中的中醫藥科學數據中心，以及中國中醫藥信息研究會、中國衛生經濟學會中醫藥分會和北京中醫藥學會計算機專業委員會的掛靠單位。