到了春秋戰國時期，鐵器的出現為改革傳統醫療器具提供了物質基礎。鐵針出現了，並且逐漸取代了砭石。而首先實現這壹改革的人，就是戰國時期的大醫學家扁鵲。《史記·扁鵲傳》、《韓詩外傳》、《說苑》等古籍裏都記載著扁鵲師徒砥針礪石”，用針灸術醫治虢國太子的“屍厥癥”（現稱“休克”或假死）。
灸灼術是隨著火的發明和應用，人體某部位受到火烤時，不但感到舒服，而且感到病痛減輕，因而產生的壹種新的治病方法。1974年從長沙馬王堆3號西漢古墓中出土的周代醫書《足臂十壹脈灸經》和《陰陽十壹脈灸經》二書主要是介紹灸灼術的。清代洪頤煊說：“古法治病，灼石針以灸之，後世專用艾”。這就是說。起初灸灼術是用火燒熱砭石觸穴位，後來專門用艾條點燃觸穴位。而首創艾灸的也是扁鵲，到漢代艾灸與針療就成為中醫必用的器具，民間醫生“懷針橐艾”（《鹽鐵論》），到處行醫治病。
從戰國時期的扁鵲開始，針灸術已經發展成為壹門獨立的學科。其標誌是腧穴的定型化和針灸專著的出現。《史記·倉公傳》記載，陽慶“傳黃帝扁鵲之脈書”給倉公。《漢書、藝文誌》有《扁鵲內經》九卷、《外經》十二卷。《唐書、藝文誌》裏有《難經》、並標明“秦越人撰”，秦越人即扁鵲。中國古代醫學家著書立說起源於扁鵲，黃帝著醫書的說法是不可信的。現在的《內經》、《難經》等經典醫學著作，雖然不壹定是扁鵲原著，但經過他的整理補充是有道理的。在《內經》和《難經》中詳細地記載了人身十二正經、奇經八脈和全身經絡、腧穴以及它們的分布循行、針療、艾灸、刺法、灸法、，禁刺、禁灸等具體內容，並且指出經絡有關“決死生，處百病，調虛實”的重要作用。人體經絡學說包括經絡系統和腧穴系統兩大部分，是針灸術的理論核心。