對於漢玉門關的關址，唐宋時期的壹些古籍，如《括地誌》、《元和郡縣圖誌》等，均認為漢代玉門關的關址在唐壽昌縣西北59千米。唐代的壽昌縣，就是後來敦煌南湖的壽昌故城址。
而敦煌遺書《沙州圖經》、《沙州城土鏡》、《壽昌縣地境》等則都認為，漢玉門關的關址在唐壽昌縣北的80千米處。
還有認為，最早的漢玉門關在敦煌之東，即玉門縣，就是後來玉門赤金附近。公元前103年，漢將李廣利伐大宛後才遷到敦煌西北。
後來，人們依據敦煌馬圈灣等地烽燧遺址所出的漢簡，以及對當地地形、驛道相關位置等考證得出結論認為，玉門關應位於臨要燧東側，玉門侯官燧西側，似在小方盤城西11000米的馬圈灣遺址西南6000米處，通往西域的古驛道就從此高地中間穿過。