《王學通論——從王陽明到熊十力》 上海三聯書店 1990
《孟子新論》 知道出版公司（臺北） 1993
《善的歷程：儒家價值體系的歷史衍化及現代轉換》上海人民出版社1994《從嚴復到金嶽霖——實證論與中國哲學》 高等教育出版社 1996
《心學之思——王陽明哲學的闡釋》 生活·讀書·新知三聯書店 1997
《理性與價值——智慧的歷程》 上海三聯書店 1998
《存在的澄明——歷史中的哲學沈思》遼寧人民出版社1998
《科學的形上之維——中國近代科學主義的形成與衍化》上海人民出版社1999
《史與思》浙江大學出版社1999
《象山語錄 陽陰傳習錄》上海古籍出版社2000
《倫理與存在——道德哲學研究》上海人民出版社 2002
《存在之維——後形而上學時代的形上學》 人民出版社 2005
《楊國榮講王陽明》北京大學出版社2005
《思與所思：哲學的歷史與歷史中的哲學》北京師範大學出版社2006
《莊子的思想世界》北京大學出版社2006