該館設有館辦公室、采編部、圖書借閱部、期刊閱覽部、信息咨詢部和現代技術部。
采編部擔負著圖書館藏書體系建設的基本職能，其核心任務是根據學校學科專業設置情況和師生閱讀需求合理采購圖書，並運用無線移動終端技術高效完成圖書分編、加工和入庫工作，使分散的文獻成為可供檢索的、有序的文獻，以便讀者使用。圖書借閱部設有醫學圖書借閱廳（收藏醫藥類圖書13萬冊）、綜合圖書借閱廳（收藏圖書21萬冊）、文史哲與外文圖書借閱廳（收藏圖書20萬冊）、語言文字圖書借閱室、古籍室。圖書借閱實行全開架服務，讀者可在開架區域自行找書，也可以通過圖書查詢系統檢索各種館藏文獻。期刊閱覽部設有醫學、外文期刊與報紙閱覽廳（陳列期刊600余種，報紙70多種，過刊合訂本4.3萬冊）、綜合期刊閱覽廳（陳列期刊500余種，合訂本1.7萬冊），讀者可以在廳內自行選擇報刊閱覽，也可以通過公***查詢系統檢索館藏期刊。信息咨詢部內設參考工具書閱覽室（陳列工具書3000冊，解答讀者利用圖書館過程中遇到的各種問題）和研習室。現代技術部內設中心機房、數字資源加工室（配置圖形工作站2臺及掃描照相設備，用於加工各類文獻資源）、電子閱覽室（可提供信息瀏覽、數據庫檢索等服務）、音像資料室（收藏光盤、磁帶和錄像帶等資料2.8萬件）、圖書館報告廳（采用同聲傳譯技術，會場規模為500人） 。