全書18篇，《山經》五篇是為壹組，以四方山川為綱，記述內容包括古史、草木、鳥獸、神話、宗教等。依南、西、北、東、中的方位次序分篇，每篇又分若幹節，前壹節和後壹節又用有關聯的語句相承接，使篇節間的關系表現的非常清楚。
《海經》中的《海外經》五篇是為壹組，主要記載海外各國的奇異風貌；《海內經》5篇為壹組，主要記載海內的神奇事物，《大荒經》五篇為壹組，主要記載了與黃帝、女媧和大禹等有關的許多重要神話資料，反映了中華民族的英雄氣概。《海經》以上每組的組織結構，皆自具首尾，前後貫串，有綱有目，除著錄地理方位外，還記載遠國異人的狀貌和風俗。第18篇《海內經》是《山海經》地理狀況的總結，總結中國境內地理形勢分野、山系、水系、開拓區域分布；農作物生產；井的發明；樂器制作；民族遷徙；江域開發以及中國洲土安定發展形成的基本格局。
《山海經》全書記載了約40個邦國，550座山，300條水道，100多位歷史人物，400多個神怪畏獸，該書總體按照地區不按時間把這些事物壹壹記錄。所記事物大部分由南開始（《大荒經》由東開始，故有學者認為是南、西、北、東的方位順序與遠古上南下北同，故《大荒經》由東開始，則可能是後人的改動調整），然後向西，再向北，最後到達大陸（九州）中部。九州四圍被東海、西海、南海、北海所包圍。