1.內容:《傅山醫學全集》囊括了傅山的全部醫學著作，涵蓋了臨床醫學、藥學、醫史等各個方面，而陳士鐸的《醫學百科全書》內容單壹。
2.醫學思想和方法更為先進:傅山的醫學思想和方法註重實踐，強調“醫生意誌”，對後世醫學發展影響深遠，而陳士鐸的醫學思想和方法在理論體系和學術思想上不如傅山系統和完善。