《四庫全書》完成至今的兩百年間，飽經滄桑，多份抄本在戰火中被毀。其中文源閣本在1860年英法聯軍攻占北京，火燒圓明園時被焚毀，文宗、文匯閣本在太平天國運動期間被毀；杭州文瀾閣藏書樓1861年在太平軍第二次攻占杭州時倒塌，所藏《四庫全書》散落民間，後由藏書家丁氏兄弟收拾、整理、補抄，才搶救回原書的四分之壹。文瀾閣本在民國時期又有二次補抄。1914年在杭州圖書館第壹任館長錢恂的支持下，由徐錫麟二弟徐仲蓀及其學生堵福詵自費補抄，歷時7年，史稱“乙卯補抄”。1923年，時任浙江教育廳長的張宗祥得知徐仲蓀、堵福詵的義舉後，十分感動，但他知道“修補”量相當浩大，單靠幾個人很難完成，必須由政府牽頭。在他的重視下，補抄人員增加到百余人，費用全部由浙江籍人募集，徐仲蓀任總校，堵福冼任監理，歷時兩年，史稱“癸亥補抄”。解放初，由於徐仲蓀和堵福洗修補《四庫全書》有功，他們倆的畫像曾被懸掛在杭州文瀾閣，以誌紀念。2008年後《四庫全書》大部分內容已經恢復。如今《四庫全書》只存3套半，其中文淵閣本原藏北京故宮，後經上海、南京轉運至臺灣，現藏臺北故宮博物院（也是保存較為完好的壹部）。文溯閣本1922年險些被賣給日本人，現藏甘肅省圖書館。文津閣本於1950年由中國政府下令調撥到中國國家圖書館，這是唯壹壹套原架原函原書保存的版本。而文瀾閣本則藏於浙江省圖書館。
1966年10月，當時正處於中蘇關系緊張時，為保護《四庫全書》安全，林彪下令將文溯閣《四庫全書》秘密從沈陽運至蘭州，藏於戈壁沙漠中。遼寧有關人士要求歸還，以書閣合璧。甘肅方面也修建藏書樓，加強保護。文溯閣《四庫全書》其最終歸屬仍處爭議中。 提出輯佚
乾隆三十七年（1772年）十壹月，安徽學政朱筠提出《永樂大典》的輯佚問題，得到乾隆皇帝的認可，接著便詔令將所輯佚書與“各省所采及武英殿所有官刻諸書”，匯編在壹起，名曰《四庫全書》。這樣，由《永樂大典》的輯佚便引出了編纂《四庫全書》的浩大工程，成為編纂《四庫全書》的直接原因。《四庫全書》的編纂過程***分四步：第壹步是征集圖書。征書工作從乾隆三十七年（1772年）開始，至乾隆四十三年（1778年）結束，歷時七年之久。為了表彰進書者，清廷還制定了獎書、題詠、記名等獎勵辦法：“獎書”即凡進書500種以上者，賜《古今圖書集成》壹部；進書100種以上者，賜《佩文韻府》壹部。“題詠”，即凡進書百種以上者，擇壹精醇之本，由乾隆皇帝題詠簡端，以示恩寵。“記名”即在提要中註明采進者或藏書家姓名。在地方政府的大力協助和藏書家的積極響應下，征書工作進展順利，***征集圖書12237種，其中江蘇進書4808種，居各省之首；浙江進書4600種，排名第二。私人藏書家馬裕、鮑士恭、範懋柱、汪啟淑等也進書不少。
整理圖書
《四庫全書》的底本有六個來源：內府本，即政府藏書，包括武英殿等內廷各處藏書；贊撰本，即清初至乾隆時奉旨編纂的書，包括帝王的著作；各省采進本，即各省督撫征集來的圖書；私人進獻本，即各省藏書家自動或奉旨進呈的書；通行本，即采自社會上流行的書；《永樂大典》本，即從《永樂大典》中輯錄出來的佚書。四庫館臣對以上各書提出應抄、應刻、應存的具體意見。應抄之書是認為合格的著作，可以抄入《四庫全書》。應刻之書是認為最好的著作，這些著作不僅抄入《四庫全書》，而且還應另行刻印，以廣流傳。應存之書是認為不合格的著作，不能抄入《四庫全書》，而在《四庫全書總目》中僅存其名，列入存目。對於應抄、應刻的著作，要比較同書異本的差異，選擇較好的本子作為底本。壹種圖書壹旦定為四庫底本，還要進行壹系列加工，飛簽、眉批就是加工的產物。飛簽也叫夾簽，是分校官改正錯字、書寫初審意見的紙條。這種紙條往往貼於卷內，送呈纂修官復審。纂修官認可者，可用朱筆徑改原文，否則不作改動。然後送呈總纂官三審，總纂官經過分析之後，可以不同意纂修官的復審意見，而采用分校官的初審意見。三審之後，送呈禦覽。
抄寫底本
抄寫人員初由保舉而來，後來，發現這種方法有行賄、受賄等弊病，又改為考查的辦法，具體做法是：在需要增加抄寫人員時，先出告示，應征者報名後，令當場寫字數行，品其字跡端正與否，擇優錄取。考查法雖比保舉法優越，但也有不便之處，因此最後又改為從鄉試落第生徒中挑選，擇其試卷字跡勻凈者予以錄用。這樣，先後選拔了3826人擔任抄寫工作，保證了抄寫《四庫全書》的需要。為了保證進度，還規定了抄寫定額：每人每天抄寫1000字，每年抄寫33萬字，5年限抄180萬字。五年期滿，抄寫200萬字者，列為壹等；抄寫165萬字者，列為二等。按照等級，分別授予州同、州判、縣丞、主簿等四項官職。發現字體不工整者，記過壹次，罰多寫10000字。由於措施得力，賞罰分明，所以《四庫全書》的抄寫工作進展順利，每天都有600人從事抄寫工作，至少可抄60余萬字。
校訂過程 這是最後壹道關鍵性工序。為了保證校訂工作的順利進行，四庫全書館制定了《功過處分條例》，其中規定：所錯之字如系原本訛誤者，免其記過；如原本無訛，確系謄錄致誤者，每錯壹字記過壹次；如能查出原本錯誤，簽請改正者，每壹處記功壹次。各冊之後，壹律開列校訂人員銜名，以明其責。壹書經分校，復校兩關之後，再經總裁抽閱，最後裝潢進呈。分校、復校、總裁等各司其職，對於保證《四庫全書》的質量確實起了重要作用。
乾隆皇帝為了存放《四庫全書》效仿著名的藏書樓“天壹閣”的建築建造了南北七閣。乾隆四十六年（1781年）十二月，第壹部《四庫全書》終於抄寫完畢並裝潢進呈。接著又用了將近三年的時間，抄完第二、三、四部，分貯文淵閣、文溯閣、文源閣、文津閣珍藏，這就是所謂“北四閣”。從乾隆四十七年（1782年）七月到乾隆五十二年（1787年）又抄了三部，分貯江南文宗閣，文匯閣和文瀾閣珍藏，這就是所謂“南三閣”。每部《四庫全書》裝訂為36300冊，6752函。七閣之書都鈐有璽印，如文淵閣藏本冊首鈐“文淵閣寶”朱文方印，卷尾鈐“乾隆禦覽之寶”朱文方印。
在編纂《四庫全書》的過程中，還編了《四庫全書薈要》、《四庫全書總目》、《四庫全書簡明目錄》、《四庫全書考證》、《武英殿聚珍版叢書》等。這幾種書可以看作編纂《四庫全書》的副產品。《四庫全書薈要》是《四庫全書》的精華，收書473種、19931卷。開本大小和裝幀形式與《四庫全書》相同。乾隆四十三年（1778年）***抄兩部：壹部放在宮中禦花園的摛藻堂，壹部放在圓明園東墻外長春園內的味腴書屋。《四庫全書總目》二百卷是《四庫全書》收錄書和存目書的總目錄。該目錄前有“凡例”，經史子集四部之首冠以總序，大類之前又有小序，每書之下都有著者介紹、內容提要、版本源流等考證文字。由於這些考證文字出於紀昀、戴震、姚鼐、邵晉涵等著名學者之手，因而具有重要的學術價值。《四庫全書簡明目錄》二十卷是《四庫全書總目》的簡編本，它不列存目書，只列《四庫全書》收錄的圖書，每種書的提要也寫得比較簡單。《四庫全書考證》壹百卷是四庫館臣對應抄，應刻各書校勘字句的記錄匯編，該書對於校訂古籍有較高的參考價值。《武英殿聚珍版叢書》是用木活字印成的。它包括《四庫全書》中138種“應刻”之書。該叢書在刻印4種之後，主持人金簡通過比較，認為木活字花錢少，實用價值高，改為木活字印刷出版。金簡把木活字印刷過程寫成《欽定武英殿聚珍版程式》壹書，並收入《四庫全書》，它是古代印刷史上的重要文獻，已被譯成德文、英文等流傳世界。 從《四庫全書》修成至今已有200余年。七部之中，文源閣本、文宗閣本和文匯閣本已蕩然無存，只有文淵閣本、文津閣本、文溯閣本和文瀾閣本傳世至今。文淵閣本今藏臺灣省，文津閣本今藏北京圖書館，文溯閣本今藏甘肅省圖書館。文瀾閣本在戰火中多所殘闕，後來遞經補抄，基本補齊，今藏浙江省圖書館。
《四庫全書》（1773年）可以稱為中華傳統文化最豐富最完備的集成之作。中國文、史、哲、理、工、農、醫，幾乎所有的學科都能夠從中找到它的源頭和血脈，幾乎所有關於中國的新興學科都能從這裏找到它生存發展的泥土和營養。從那時開始，作為國家正統、民族根基的象征，已成為中國乃至東方讀書人安身立命夢寐以求的圭臬和後代王朝維系統治宏揚大業的“傳國之寶”。《四庫全書》***收書3460多種、79000多卷、36000多冊，分為經、史、子、集四部。其中“經部”分為“易、書、詩、禮、春秋、孝經、五經總義、四書、樂、小學”等10類；“史部”分為“正史、編年、紀事本末、別史、雜史、詔令奏議、傳記、史鈔、載記、時令、地理、職官、政書、目錄、史評”等 15類；“子部” 分為“儒家、兵家、法家、農家、醫家、天文算法、術數、藝術、譜錄、雜家、類書、小說家、釋家、道家”等14類；“集部”分為“楚辭、別集、總集、詩文評、詞曲”等05類。總***44類。為了保存這批精典文獻，由皇帝“禦批監制”，從全國征集3800多文人學士，集中在京城，歷時十年，用工整的正楷抄書七部，連同底本，***八部。建閣深藏，世人難得壹見。雖然由數千人抄寫，但字體風格端莊規範，筆筆不茍，如出壹人。所以，無論從內容上還是從形式上看，都具有十分難得的研究、收藏和欣賞價值。後幾經戰亂，損毀過半，更使這套世界出版史上的巨制，成為舉世罕見的無價之寶。
乾隆三十八年（1773年）二月，《四庫全書》正式開始編修，以紀曉嵐、陸錫熊、孫士毅為總纂官，陸費墀為總校官，下設纂修官、分校官及監造官等400余人。名人學士，如戴震（漢學大師），邵晉涵（史學大師）及姚鼐、朱筠等亦參與進來。同時，征募了抄寫人員近4000人，鴻才碩學薈萃壹堂，藝林翰海，盛況空前，歷時10載。至1782年，編纂初成；1793年始全部完成。耗資巨大，是“康乾盛世”在文化史上的具體體現。乾隆三十八年（1773年）三月，《四庫全書》館設立不久，總裁們考慮到這部書囊括古今，數量必將繁多，便提出分色裝潢經、史、子、集書衣的建議。書成後它們各依春、夏、秋、冬四季，分四色裝潢，即經部綠色，史部紅色，子部月白色，集部灰黑色，以便檢閱。因《四庫全書總目》卷帙繁多，翻閱不易，乾隆帝諭令編壹部只記載書名、卷數、年代、作者姓名，便於學者“由書目而尋提要，由提要而得全書”的目錄性圖書。乾隆三十九年（1774年），總纂官紀昀、陸錫熊等人遵照乾隆帝的諭令，將抄入《四庫全書》的書籍，依照經史子集四部分類，逐壹登載。有需要特別加以說明的問題，則略記數語。此書於乾隆四十六年告竣，***20卷。它實際上是《四庫全書總目》的簡編本。中國古典文化典籍的分類，始於西漢劉向的《別錄》。到了西晉荀勖，創立了四部分類法，即經、史、子、集四大部門。隋唐以後的皇家圖書館及秘書省、翰林院等重要典藏圖書之所，都是按照經、史、子、集分四庫貯藏圖書的，名為“四庫書”。清乾隆開“四庫全書館”，使成編時，名為《四庫全書》。因為有了《四庫全書》的編纂，清乾隆以前的很多重要典籍才得以較完整地存世。《四庫全書》謄繕七部，分藏於紫禁城內的文淵閣、盛京（今沈陽）宮內的文溯閣、北京圓明園的文源閣、河北承德避暑山莊的文津閣，此為北四閣，又稱為內廷四閣，僅供皇室閱覽。另三部藏於揚州的文匯閣、鎮江的文宗閣、杭州的文瀾閣，即浙江三閣，又稱南三閣，南三閣允許文人入閣閱覽。中國近代，由於戰亂不斷，七部《四庫全書》中完整保存下來的僅存三部。文匯閣、文宗閣藏本毀於太平天國運動時期；文源閣藏本被英法聯軍焚毀；文瀾閣所藏亦多散失，後經補抄基本得全，然已非原書。1948年，國民黨政府撤離大陸，前往臺灣，將故宮博物院的壹些珍貴藏品運往臺灣時，將《四庫全書》中最為珍貴的藏本文淵閣《四庫全書》帶到臺灣，文淵閣《四庫全書》現存藏於臺北故宮博物院內。 清乾隆編纂四庫全書時銷毀了對大清不利的書籍總數，據統計為壹萬三千六百卷。焚書總數，15萬冊。銷毀版片總數170餘種、8萬餘塊。除了焚毀書籍，大清還系統的對明代檔案進行了銷毀。明代檔案僅三千余件，主要是天啟、崇禎朝兵部檔案，也有少量洪武、永樂、宣德、成化、正德、嘉靖、隆慶、萬歷、泰昌朝的官方文書。其余估計不少於1000萬份明代檔案，已經全部被銷毀了。除了銷毀書籍和檔案外，大清還系統的對殘存書籍和檔案，進行篡改。
《四庫全書》的編修可以說是全國圖書都要進獻檢查，不僅不利於大清的文獻被禁毀，連前人涉及契丹、女真、蒙古、遼金元的文字都要進行篡改。查繳禁書竟達三千多種，十五萬多部，總***焚毀的圖書超過七十萬部，禁毀書籍與四庫所收書籍壹樣多。“初下詔時，切齒於明季野史。其後，四庫館議，維宋人言遼金元，明人言元，其議論偏謬尤甚者，壹切擬毀，……隆慶以後，至於晚明，將相獻臣所著，靡有孑遺矣”。明清之際，黃道周、張煌言、袁繼鹹、錢肅樂、顧炎武、黃宗羲、孫奇逢諸人的著作，均於例禁。後來稍稍放寬，有些人的著作，只要“改易違礙字句，無庸銷毀”。但對錢謙益、呂留良、屈大均、金堡以及戴名世、王錫侯、尹嘉銓諸人的作品，查禁特別嚴厲。乾隆時被銷毀的書籍“將近三千余種，六、七萬卷以上，種數幾與四庫現收書相埒”。吳晗說過“清人纂修《四庫全書》而古書亡矣！”文字獄如此之徹底，壹篇吳三桂的“反滿檄文”，壹本《揚州十日記》，壹本《嘉定屠城記略》，竟在中華本土湮滅二百多年，二百多年後才從日本找出來！
《四庫全書》所收古籍許多經過篡改是盡人皆知的事實。《四庫全書》的編纂者對於反映民族矛盾、民族壓迫和民族戰鬥精神的作品盡量摒棄和抽毀，對於不能不收錄的名家名作則大肆篡改。如嶽飛《滿江紅》名句“壯誌饑餐胡虜肉，笑談渴飲匈奴血”。“胡虜”、“匈奴”在清代是犯忌的。於是《四庫全書》館臣把它改為“壯誌饑餐飛食肉，笑談欲灑盈腔血”。張孝祥名作《六州歌頭·長淮望斷》描寫北方孔子家鄉被金人占領：“洙泗上，弦歌地，亦膻腥。”“膻腥”犯忌，改作“雕零”。陳亮的《水調歌頭·不見南師久》詞雲：“堯之都，舜之壤，禹之封。於中應有，壹個半個恥臣戎。”“恥臣戎”犯忌，改作“挽雕弓”。還有更荒謬的，辛棄疾的《永遇樂·千古江山》中的“斜陽草樹，尋常巷陌，人道寄奴曾住”，被改作“人道宋主曾住”。“寄奴”是南朝宋開國皇帝劉裕的小名，用小名稱呼帝王，做慣了奴才的《四庫全書》館臣覺得別扭而加以改動。
再如宋代《契丹官儀》記載遼國見聞：“胡人之官，領番中職事者皆胡服，謂之契丹官。樞密、宰臣則曰北樞密、北宰相。領燕中職事者，雖胡人亦漢服，謂之漢官。執政者則曰南宰相、南樞密。”四庫本則篡改為：“契丹之官，領番中職事者皆異服，謂之契丹官。樞密、宰臣則曰北樞密、北宰相。領燕中職事者，雖國人亦漢服，謂之漢官。執政者則曰南宰相、南樞密。”改掉“胡服”“胡人”等。
文人魯迅在批評明清和民國文人時表示：
“現在不說別的，單看雍正乾隆兩朝的對於中國人著作的手段，就足夠令人驚心動魄。全毀，抽毀，剜去之類也且不說，最陰險的是刪改了古書的內容。乾隆朝的纂修《四庫全書》，是許多人頌為壹代之盛業的，但他們卻不但搗亂了古書的格式，還修改了古人的文章；不但藏之內廷，還頒之文風較盛之處，使天下士子閱讀，永不會覺得我們中國的作者裏面，也曾經有過很有些骨氣的人……清朝的考據家有人說過，“明人好刻古書而古書亡”，因為他們妄行校改。我以為這之後，則清人纂修《四庫全書》而古書亡，因為他們變亂舊式，刪改原文；今人（民國）標點古書而古書亡，因為他們亂點壹通，佛頭著糞：這是古書的水火兵蟲以外的三大厄。 ”
“嘉慶道光以來，珍重宋元版本的風氣逐漸旺盛，也沒有悟出乾隆皇帝的“聖慮”，影宋元本或校宋元本的書籍很有些出版了，這就使那時的陰謀露了馬腳。最初啟示了我的是《琳瑯秘室叢書》裏的兩部《茅亭客話》，壹是校宋本，壹是四庫本，同是壹種書，而兩本的文章卻常有不同，而且壹定是關於“華夷”的處所。這壹定是四庫本刪改了的；連影宋本的裏看的，自己沒有，去買起來又嫌太貴，因此也舉不出實例來。但還有比較容易的法子在。新近陸續出版的《四部叢刊續編》自然應該說是壹部新的古董書，但其中卻保存著大清暗殺中國著作的案卷。例如宋洪邁的《容齋隨筆》至《五筆》是影宋刊本和明活字本，據張元濟跋，其中有三條就為清代刻本中所沒有。所刪的是怎樣內容的文章呢？為惜紙墨計，只錄壹條《容齋三筆》卷三裏的《北狄俘虜之苦》在這裏——“元魏破江陵，盡以所俘士民為奴，無分貴賤，蓋北方夷俗皆然也。自靖康之後，陷於金虜者，帝子王孫，官門仕族之家，盡沒為奴婢，使供作務。每人壹月支稗子五鬥，令自舂為米，得壹鬥八升，用為餱糧；歲支麻五把，令緝為裘。此外更無壹錢壹帛之入。男子不能緝者，則終歲裸體。虜或哀之，則使執爨，雖時負火得暖氣，然才出外取柴歸，再坐火邊，皮肉即脫落，不日輒死。惟喜有手藝，如醫人繡工之類，尋常只團坐地上，以敗席或蘆藉襯之，遇客至開筵，引能樂者使奏技，酒闌客散，各復其初，依舊環坐刺繡：任其生死，視如草芥。……” 《四庫全書》其實是壹部“四不全”的次品乃至廢品。何謂“四不全”？因為在編修過程中，數目驚人的書籍遭到了焚毀、刪削、篡改、錯訛的厄運，而這壹切都是蓄意為之。
壹、焚毀
《四庫全書》收錄全文的圖書壹***有3461種，成書79000卷，近7.7億字。編修中明令禁焚的書籍就有3000多種（估計禁毀6766部，93556卷），禁毀數超出收入的總數，這還不算上因當時詔令上繳違禁書籍在民間造成的恐怖氛圍，百姓偷偷焚毀的書籍，合計起來被毀掉的書籍恐怕不止萬部，這實在是空前絕後壹場文化大浩劫。
二、刪削
只舉幾例，據黃裳先生考證：乾隆四十壹年詔令：書籍內如有只須刪改的字句，就不必因此而廢掉全書；乾隆四十四年，禁網已註意到地方誌；乾隆四十五年，註意力伸到野史詩、演戲曲本、小說等俗文學領域；乾隆五十年，改《明末紀事本末》中“吳三桂擊走李自成”為“清軍擊走李自成”。
三、篡改
魯迅先生就說過：“清人篡修《四庫全書》而古書亡，因為他們變亂舊式，刪改原文。” (《病後雜談之余》) 不但與清代統治者利益密切相關的明人作品遭到大力剿滅，而且殃及兩宋。如嶽飛的《滿江紅》名句“壯誌饑餐胡虜肉，笑談渴飲匈奴血”，被改為“壯誌饑餐飛食肉，笑談欲灑盈腔血”，因為“胡虜”、“匈奴”在清代是犯忌的。最荒唐可笑的是辛棄疾的《永遇樂·千古江山》：“斜陽草樹，尋常巷陌，人道寄奴曾住”，被改作“人道宋主曾住”。“寄奴”本是南朝宋開國皇帝劉裕的小名，與犯忌的“胡”“戎”“夷”“虜”等並不相關，可是奴才們害怕專制淫威，為保險起見“覺悟高”，須知“狗總是跑在最前面的”。
四、錯訛
戊戌變法時支持新法的陜西進士李嶽瑞，在其筆記《悔逸齋筆乘》中提到乾隆禦制、四庫館臣校訂的武英殿版《二十四史》。“曩讀武英殿本《二十四史》，惟《史》、《漢》、《國誌》校勘無愧精審，《晉書》以次，則訛字不可枚舉。”是四庫館臣的疏忽嗎？不是。這是四庫館臣、內府官員、太監***同表演的取悅皇帝的“啞劇”——故意留下些容易看出的錯誤，等待喜歡校書的乾隆看到後標出，再對館臣的“不學”降旨申斥，從而“龍心大悅”，覺得自己的學問也在“皆海內壹流，壹時博雅之彥”的四庫館臣之上。“然上雖喜校書，不過偶爾批閱，初非逐字讎校，且久而益厭。每樣本進呈，並不開視，輒以朱筆大書校過無誤，照本發印。司事者雖明知其訛誤，亦不敢擅行改刊矣。”
從上述可以看出，毀、刪、改，包括留下的大量錯訛，都是蓄意而為。深究緣由，就不得不剖析乾隆編修《四庫全書》的真實意圖了。在費正清的名著《美國與中國》中，他鮮明地指出了清朝統治者編纂《四庫全書》的真實用意：“通過這項龐大工程，清廷實際上進行了壹次文字清查（文學上的“宗教裁判”）工作，其目的之壹是取締壹切非議外來統治者的著作。編纂人在搜求珍本和全整文本以編入這壹大文庫時，也就能夠查出那些應予取締或銷毀的壹切異端著作。正如L.C.古德裏奇所論證的，這是最大規模的思想統治。”