30年代初，翻譯出版了美國人珀爾修斯主編的《歐美農業史》。這是中國第壹次介紹歐美農業發展史，極大地促進了中國人對本國農業史的重視。此外，他在資源委員會任職期間，對江蘇省句容縣土地資源利用和管理情況進行了調研，對江蘇、浙江、安徽、湖北、湖南、四川、江西等省的農業資源和農業行政進行了普查。收集了大量關於土地和田賦的第壹手資料，撰寫了《全國土地調查報告提綱》。萬對中國農業史進行了廣泛的研究，既有綜合的，也有專門的，都取得了突出的成就。他發表了許多論文和專著。20世紀三四十年代，他出版了《傳統農學》、《農業史論文集》、《殷農業》、《商農業》、《蠶桑史》、《中國耕作制度史》、《古代農書概論》、《農桑提要》等著作，受到農業和歷史學界的好評，其中《中國農
20世紀50-60年代，萬還出版了中國現存最早的完整農書《齊書》、《古代農書所載中國耕作制度的演變》、《茶經提要》、《區域耕作法研究》、《耦合耕作法研究》、《唐遲研究》、《呂氏春秋》及其在農業史上的性質和價值。此外，還編纂了《畢升之書》和《陳芳農書校勘記》。《巴生書》是西漢時期壹部重要的農書。記載了2000多年前中國北方特別是關中地區的農業生產和生產技術狀況。雖然篇幅不多，內容卻相當豐富，但原著早已失傳，資料散見於許多古籍中。為了使後人能夠了解和研究西漢農業史，萬在資料不全的情況下，盡力搜集資料。經過大量的考證、註釋等工作，他終於成功地編纂了這部著作。同時將原書的古文翻譯成白話文，並在每篇文章後面，用現代科學知識進行分析解釋。這樣，壹般難以理解的《太升之書》就變成了通俗易懂的讀物。陳芳的《農書》是繼《齊·姚敏書》之後的又壹部綜合性農書，該書簡明扼要，緊密聯系生產實踐。書中提到的“肥力常新”、“糞肥入藥”等觀點，是中國傳統農業的精髓。《萬農書校註》以其對農業技術的熟悉和對農業古籍術語的深刻理解為基礎，簡明易懂，深受讀者喜愛。
幾十年來，萬任勞任怨，碩果累累。出版專著10部，撰寫論文130余篇，其中正式發表78篇，可謂著作等身。他的專著和論文，史料豐富，考證細致，歷來為國內外學者所重視。