民國時期,這些極具史料價值的檔案經歷了種種磨難。解放前夕,國民黨政府向臺灣省運送了大約40萬份明清檔案。在那裏,檔案保護得很好,有專人整理研究。解放後,新中國政府將故宮博物院文獻庫改為檔案館,直屬檔案局管理。50年代,檔案館把留在異地的明清檔案全部收回北京。
目前我國明清檔案約有10萬份。