古史辨派的研究對象是以儒家經典為基礎的中國古代傳統史料。本文作了嚴謹的文獻分析，找出了它的成書日期，排除了後來的偽作和補充史料，想進行古史研究的基礎性工作。他的成就主要是在文獻中證明古籍中的古代歷史傳說是如何受到戰國秦漢及其後期政治學說的影響而變形的。他主要關註的是儒家經典本身，他的註意力主要在於它們的神話被文獻化、概念化、畸形化的過程。
學習是時代的產物，必然會有時代的局限性。在談到古代歷史學派的局限性時，日本著名學者別冢重樹先生曾指出，神話傳說作為壹系列時間性的變化是很有說服力的，但有記載的神話傳說的變化並不純粹是時間性的，還應該考慮到空間和地域的差異。應該認識到它的變化過程是極其復雜的。其中，不同的民族，不同的地域，都保持了不同的神話傳說。神話傳說的矛盾是有原因的，壹些史實也有反映。我們不能排除矛盾的傳說是後人偽造的歷史。“逐層原因”理論本身只考慮了時間上的變化，這畢竟是壹個根本性的不足[2]。
“積累導致的中國古代史觀”作為壹種辨偽的理論觀點或假說，確實只考慮了時間上的變化，而沒有反映空間和地域上的問題。但在實際研究中，顧先生的《九州叢林·榮域》等論文充分考慮了古代歷史傳說的空間性和地域性，顧先生本人也提出了“打破民族大壹統觀念；打破地區壹直是統壹的觀念；打破古代史人性化的觀念；打破古代是黃金世界的觀念。”
在顧先生的上述“四破”中，“破古史人化觀念”在今天可以進壹步研究。在古代史和神話傳說中，確實存在壹個從純粹的“神”到“人”的人格化問題，即古代史的人化。但在古代，在“原初邏輯”的思維下[3]，那些強大的部落酋長和英雄，在活著的時候可能被視為具有神力或神性，死後成為半神，其神性在部落或部族間不斷強化和廣泛傳播，這是可能的。這樣，在神話傳說的歷史化和文獻化過程中，壹些被擬人化為人類或半神的所謂“神”可能是古代部落中的酋長或英雄，也就是說，他們經歷了:古代活著的部落酋長(人，但具有神力、神性，甚至被視為半神)——死後的部落神——在進入有記載的歷史後再次被認可。所以古代史的所謂“人化”或“神化”是極其復雜的。從神到人是有現象的，但不僅僅是從神到人。
古史辨派的另壹個不足是對古史的過度懷疑，這是現在學術界經常討論的問題。雖然有過分疑古之嫌，但也要看到古史派的史學成就，就是在打破古史體系的同時整理古籍，它形成了近代學術史上第壹次系統的、大規模的整理古籍的高潮。雖然在疑古辨偽的過程中存在壹些“冤假錯案”，但它打破了屬於後世加工整理的三皇五帝制，也重新整理了與傳統古史體系相關聯的經典。當然，這項工作只是初步的、壹般的，現在還在繼續。比如《尚書》、《要典》、《墨濤》、《龔宇》前三篇，雖然寫於夏朝之前，但寫得比潘庚、大班、、九卯、晚得多。目前，在利用《尚書》前三章研究古代歷史文化的學者中，比較嚴謹的做法是:壹方面，他們認為部分材料確實是上古流傳下來的，但同時又不能不考慮其中所包含的戰國時期的思想、制度、組織結構等因素， 而且甚至不能不註意到，姚典和其他原本分屬不同部門的部落、民族，被安排在壹個朝廷——壹個統壹的古史體系中，所以往往要做出相應的利用。 現在的難點是選擇的標準是什麽？學術界對此沒有壹定的看法，甚至有些混亂。我們反對采取認同自己就拿不認同的東西來說事的態度，也反對僅僅根據自己意見的需要，就說《堯典》中的某個材料符合社會發展史的原則，作為選擇的標準。眾所周知，所謂的社會發展歷史的原理也是根據壹些民族的情況總結出來的，並不是絕對的、壹成不變的。更何況我們要解釋的是中國古代特定的歷史文化，而不是社會發展的通史。所以，壹般的做法是用《藥典》等書籍史料進行考證和配合。當它與考古學相結合時，也應該建立在分別對文學和考古學進行系統研究的基礎上。而且這種結合只能是以考古為骨幹，以文學為血肉。骨幹確立了社會歷史發展的基本脈絡，是最根本的東西。血肉充實了具體的歷史，是輔助性的東西。總之，在今天，如果僅僅依靠文獻來建立古史的體系，已經遠遠落後於時代的要求，商代以前的古史研究的基礎是考古學。因此，考古學的實踐對於文明起源的研究是最基本的。也正因為如此，夏鼐先生在談到中華文明的起源時，也是從小屯的殷墟文化出發，通過鄭州的二裏崗商文化和偃師的二裏頭文化追溯到新石器文化[4]。
考古學是通過古人類的身體遺跡來研究的，所以有理有據，不受史料記載的束縛，但考古學是解釋性的，遺跡本身不會說話。它需要人們運用技術、經濟、環境、人口學等知識來解釋符合古代現實的人類活動方式。這種解釋往往形成壹些理論模型，也借鑒了壹些原有的理論模型，其中以人類學的理論模型最為明顯。如摩爾根在100多年前提出的古代社會“血親婚姻家庭”、“合夥婚姻家庭”、“偶婚家庭”、“排他婚姻家庭”、氏族、胞族、部落、部落聯盟、軍事民主等理論模型，在考古領域產生了廣泛的影響。自20世紀60年代以來，西方人類學家提出的“酋長國”理論模式對考古學仍有影響。但這些人類學模型往往是根據社會進化的觀點，對民族學中可以觀察到的各種類型的社會進行縱向分類而形成的。雖然有時它們很有邏輯，但需要證明它們之間是否存在遞進進化關系，或者是否具有普遍意義。而考古學則可以根據它們的分層關系來確定遺跡的時間和順序，從而觀察社會的發展變化。所以考古學和文化人類學可以相輔相成，相得益彰，但不可替代。考古學可以借鑒和參考人類學的理論模型，以考古資料為素材和骨架，建立壹套能夠反映社會形態和結構的演化模型。正是出於這種考慮，筆者曾將聚落考古學與社會形態學相結合，從聚落形態的角度提出了“文明起源三階段論”[5]。當然，這只是初步的，只是建立了壹個大致的框架，進壹步的推廣和深入研究還需要進壹步的努力。
總之，我們說文明起源的研究既是考古學的理論問題，也是考古學的實踐問題，這是符合實際的，我們中國古代歷史文化從信古到疑古再到考古的經歷說明了這壹點。田野考古發掘是基礎，對出土遺物、遺跡、遺址等考古現象的解釋或說明也很重要。解讀是否出彩，取決於其知識結構、理論水平和各方面素養。值得指出的是，理論也是創新的，重要的是根據新的情況提出新的問題，做出新的解釋，而不是簡單地套用某種理論模型。因此，我們在引用或借鑒某壹理論模式時，也應該有理論創新的要求或結合中國實際做出自己的理論思考，而不是簡單套用，用新教條批判舊教條，從壹個怪圈跳到另壹個怪圈。