1、未病防病 已病防變
孫思邈首次提出預防疾病的保健灸法，重視疾病的預防和早期治療，是孫思邈重要的學術思想。他說："上工醫未病之病"，"神工則深究萌芽"。
"凡人吳蜀地遊官，體上常須三兩處灸之，勿令瘡暫差，則瘴癘溫瘧毒氣不能著人也。故吳蜀多行灸法。"
在《千金要方》卷十七"中風"條下，他提出灸百會、風池、大椎、肩井、曲池、間使、足三裏等七穴預防中風。
患病之後，孫思邈主張及時治療，"凡腳氣初得腳弱，使速灸之，並服竹瀝湯，灸訖可服八風散，無不差者，惟急速治之"。他還諄諄告誡說："此病輕者，登時雖不即惡，治之不 當，根源不除，久久期於殺人，不可不精以為意。"
重視早期治療是孫思邈的重要學術思想，《備急千金要方》卷七治風毒腳氣"若欲使人不成病者，初覺即灸所覺處三二十壯，因此即愈，不復發也。"可見灸用於已病防變能使病"不復發"。
現代實驗已證明，艾灸能增強白細胞吞噬能力，促進抗體的生成，增強機體的免疫力和抗病能力；可促進病變附近發生局 部充血、溶血現象，改善局部皮膚供血情況，調整局部組織的機能。病之初起，較為輕淺，即灸可扶正祛邪，控制病情發展，是臨床治療的重要環節。
2、輯錄灸方
孫思邈在著作中除唐代醫家和自己的醫療經驗外，還收錄了許多失傳的古代醫籍內容，其中郭玉、張文仲、範汪等各醫家之說，賴其書得以部分保存和流傳。《千金要方》載針灸處方千余條，其中灸方占三分之壹，約4百條。《千金翼 方》載針灸方6百余條，其中灸方占十分之九，約5百余條，足見孫思邈對灸法的重視。
灸治有單穴、有穴方，如"脹滿腎冷，瘕聚泄痢，灸天樞百壯"。又如治腳氣"初灸風市、次灸伏兔、次灸犢鼻、次灸膝兩眼、次三裏、次灸上廉、次灸下廉、次灸絕骨"。組方合理，治證明確，理法有據。為後世針灸醫 家所推崇。
3、加藥艾灸
在臨床上使用的灸治材料以艾火為主，施灸材料主要是艾葉。可貴的是，孫思邈根據不同的病證，在艾中加入壹定 的藥物，補充了單用艾作為灸用藥材的不足。
如《千金翼 方》卷二十四治療瘰癧，"以艾壹升，熏黃如棗大，幹漆如棗大，三味末之，和艾作炷灸之，三七壯止"。
《千金翼方》卷二十四還首載了竹茹灸治療疔腫的方法："刮竹箭上取茹作炷， 灸上二七壯"；治瘰癧破潰者，將大麻花與艾葉等分合作炷，灸漏上百壯"。
艾中摻藥是孫思邈對《內經》藥灸療法的 進壹步發展，從而擴大了灸法的適應證和治療範圍，對後世艾條灸、雷火針、太乙針的出現都有相當的影響。
4、多種隔物灸
隔物灸有多種，孫思邈主要應用隔豆豉、薤、黃土、面餅、 附子、蒜、商陸、葶藶餅等8種隔物灸法。
治發背及癰疽腫潰未潰方："取香豉三升，少與水和，熟搗成強泥，可作餅子，厚三分，已有孔，勿覆孔，可腫上布豉餅，以艾列其上。"豆豉，味 苦，性寒，無毒；入肺、胃經；功能解表發汗，除煩。豆豉餅灸對瘡疽發背、惡瘡腫硬不潰或已潰不斂最為有效。
治惡露瘡："搗薤菜傅皰口，以大艾炷灸藥上，令熱入內即差。"薤葉，辛、苦、溫；有理氣寬胸，通陽散結的功效。隔薤灸能治療各種瘡癤，加強散結消腫的作用。
治發背："小覺背上癢痛有異，即火急取凈土，水和為泥，撚作餅子，厚二分，闊壹寸半， 以粗艾大作炷，灸泥上，貼著瘡上灸之，壹炷壹易餅子。"此處取土能勝水燥濕之意，對濕疹、白癬及其他濕毒而致的外科病有效。
治惡疾："面壹升作餅，大小覆瘡。灸上令熱，汁出盡，瘥。"面，性甘涼；和中，解熱，止煩渴，能加強鎮靜止癢之功效。
治癰疽："治癰肉如眼，諸藥所不效者方，取附子，削令如棋子，安腫上，以唾貼之，乃灸之，令附子欲焦，復唾濕之，乃重灸之，如是三度，令附子熱氣徹內即瘥。"艾護眾生提醒您附子辛溫大熱；氣厚味薄，走而不守，有溫陽扶贏的作用；可逐寒濕，補命門火。現代藥理研究有抗炎、提高免疫功能的作用，隔附子灸對癰疽初起、瘡瘍久漬不愈有效。
治瘰癘："灸壹切瘰癧在項上及觸處，但有肉結凝似作瘺及癰癤者，以獨頭蒜，截兩頭留心，大作艾炷，稱蒜大小，貼癧子上灸之，勿令上破肉，但取熱而已，七壯壹易蒜，日日灸之，取消止。"蒜，辛溫；入脾、肺、 腸、胃經；性熱喜散，其氣稟烈；能通五臟，達諸竅，去寒濕，破冷氣，健脾開胃，又有消腫化結止痛之功，脈脈艾灸提醒妳臨床應用以獨頭為良。
隔葶藶子灸："葶藶子兩合，豉壹升，右二味合搗大爛， 熟作餅子如上，以壹餅子當孔上貼，以艾炷如小指大，灸上三 壯壹易，三餅九炷，日三，隔三日壹灸。"葶藶子，辛、苦、寒；具 有破滯開結。下氣行水，消腫散瘀功能。
孫思邈最常用的隔物灸主要有以上幾種，後世醫家多采用之，有些方法至今尚為臨床廣泛應用。
5、施灸順序
關於施灸的先後順序，《千金要方·灸例》："凡灸，當先陽後陰，言從頭向左而漸下，次後從頭向右而漸下，先上後下。"施灸先後順序，多是先上後下，先陽後陰，先左後右，如此可以引火下行，從陽人陰，不致於燥熱上火，發生眩暈等不 良反應。
臨床上有時因多灸上部腧穴而出現頭昏、咽幹等， 若此時在下部腧穴施灸，多可解除。同時必須結合病情來考慮，因病制宜，不可拘執不變。如氣虛下陷的病例，則宜從下而上地施灸。如脫肛癥可先灸長強以收肛，後灸百會以舉陷，這樣才能收到更好的效果。
6、艾有生熟
《千金翼方》："艾葉味苦，微溫，無毒，主灸百病。"艾屬 菊科，為多年生草本植物，全國各地均有生長，取材方便。但以湖北省蘄州生長者為良，稱為蘄艾。艾葉每年農歷五月采 摘，曬幹備用。
艾以陳艾為好，《孟子·離婁》："七年之病， 求三年之艾"。臨床用艾，有生熟之分，生艾即幹燥之艾葉未經加工者。熟艾即幹燥的艾葉抽去筋脈後再杵搗揉爛如棉者，又稱艾絨，灸治須用熟艾。
《千金要方》："艾使熟，炷令平正著肉，火勢乃至病處也，艾若生，炷不平正，不著肉，徒灸多炷，故無益也。"
7、熱證施灸
灸法有溫經散寒，扶陽國脫的作用。臨床主要用於虛證、寒證，而孫思邈強調辨證論治的重要性，亦將灸法用於治療熱證，每獲良效。
《千金翼方》記載如下灸療方法：癰疽癤腫，遊毒熱腫，"但初覺有異，即急灸之，立愈"；
"陰都，灸隨年壯，主小腸熱病"；
"狂風罵詈撾斫人，名為熱陽風，灸口兩吻邊燕口處赤 白際各壹壯"；
"灸壹切瘧，尺澤主之"；
"巨闕穴，在心下壹 寸，灸七壯，主馬黃、黃疸、急疫等病"；
"消渴口幹，灸胸堂五十壯"。
8、針灸藥並重
孫思邈強調針刺、艾灸、湯藥三者並重，認為"若針而不 灸，灸而不針，皆非良醫也，針灸不藥，藥而不針，尤非良醫也"，"湯藥攻其內，針灸攻其外，則病無所逃矣，方知針灸之功，過半於湯藥矣"。
因此，孫思邈在其著作中所述的許多病癥的治療都是采取針灸藥兼施的。有些病以針為佳，有些病以灸良，有些病宜用藥治。有些病則針灸藥同時施用。
"其有須針者，即針刺以補瀉之，不宜針者，直爾灸之"，"凡壹切中風，服藥益居者，但是風穴，皆灸之三壯，神良。欲除根本必火灸，專恃湯藥則不可差"。
孫思邈就是這樣根據各種療法的特長，按照病情的需要，進行取舍應用，充分發揮其各自 的優勢，以提高療效。
"學者深須解用針?知針知藥固是良醫"。
9、灸療禁忌
灸法雖補陽但能傷陰，故"凡浮數之脈及新汗後，並忌矣"，此寒熱之忌。
"凡病皆由血氣壅滯。不得宣通，針以開道之，灸以溫暖之。灸已，好須將護。生冷醋滑等，若不謹慎之，反增疾矣"。此將息之忌。
"頭維、腦 戶、風府、絲竹空、下關、耳中、瘼脈、人迎、瘩門、承泣、經渠、 脊中、氣沖、鳩尾、地五會、陰市、陽關、乳中、泉腋、伏兔、承 光、天府、白環俞、石門(女人忌灸)，右二十四處，禁不可灸"，此分部之忌。《千金》雖有此禁灸二十四處，但臨床大可不必拘泥，艾護眾生提醒妳只要病情需要，亦可靈活應用（古代以直接灸為主，所以禁忌頗多）
10、看脈刺灸
孫思邈主張根據脈象來決定是否針灸，如何針灸。
他說："凡欲灸針，必先診脈"
"脈惡勿亂下針也"；"凡微數之脈，慎不可灸"
"脈浮熱甚，勿灸"；"脈好乃下針"。
"寸口脈浮，中風發熱頭痛，宜服桂枝湯、葛根湯，針風池、風府，向火灸身，摩治風膏，覆令汗出"；
"關上脈緩。不欲食，此脾胃氣不足，宜服平胃丸、補脾湯，又針章門補之"；
"尺脈緊，臍下痛，宜服當歸湯，灸天樞，針關元補之"。
這種以脈診為指導的看脈刺灸思想，應值得重視。
11、灸宜權變
孫思邈提出了艾炷大小與灸之生熟法："頭面目咽，灸之最欲生少；手臂四肢，灸之欲須小熟，亦不宜多；胸背腹灸之尤宜大熟，其腰脊欲須少生。"至於生熟的程度，"大體皆須以意商量，臨時遷改，應機千變萬化。難以壹準耳"。
"凡言壯數者，若丁壯遇病，病根深篤者，可倍多於方數；其人老小贏弱者，可復減半?仍須準病輕重以行之，不可膠柱守株。"