《肘後備急方》對瘧疾的種類和癥狀有較詳細的記載，同時有30多首治療方劑。“常山”在其中14個方中被提到，它已被後代證實確實是抗瘧特效藥。還有“青蒿”，也被用於治瘧，並指明用該藥壹把，以水兩升浸漬，然後絞取汁，口服。
後世根據這壹記載，尤其是註意到使用該藥不用煎煮這壹事實，從青蒿中提取出了青蒿素，並證明青蒿素是壹種高效、速效、低毒的新型抗瘧藥。這壹發明被認為是抗瘧史上的又壹突破。這說明在《肘後備急方》中蘊藏著許多寶貴的治療經驗。