三十七年(1948)秋，* * *戰爭形勢逆轉，故宮、中央圖書館、中央研究院歷史語言研究所、中國博覽會籌備處決定，精選精品文物，運往臺灣省。那年年底，第壹批文物箱由海軍從南京運出，抵達基隆。次年，第二批文物由商船運載，第三批箱子仍由海軍運載。故宮運往臺灣的2972箱文物，只是從北平南移的箱子(13，491箱)的22%，但精品不少。中博會籌備辦運到臺灣的有852箱，大部分是精品。
在向臺灣運送圖書和文物時，政府成立了國立中央自然歷史博物館聯合管理辦公室。聯管處把文物搬到臺中縣五鳳鄉北溝新建的山坡倉庫，挖了壹個防空洞。在聯管辦期間，對文物進行了清點；後來從事編目工作，出版了各種書籍，並有壹個小陳列室對公眾開放。其間，他還精選精品赴美，在華盛頓國家美術館等五地展出，並參加了紐約世博會。
故宮遷至臺北後，又連續擴建了幾次，展覽空間逐漸擴大。五十七年(1968)從書畫組中分出圖書文獻，使文物收藏單位由原來的古物、書畫組擴大到器物、書畫、圖書文獻三處。59年(1970)，文獻部下加圖書館。它的業務有點大:比如文物的復查、整理、詳細登記；並與其他機構合作交流。比如從1960年開始，協助臺灣省立大學歷史研究所成立中國美術史小組，也就是臺大美術史研究所的前身。該集團培養了許多藝術史研究人才，其中壹些人曾在故宮工作。六十七年(1978)與國史館合作校勘《清史》稿，後由國史館整理更新出版。故宮還開展了編輯和研究工作，出版了多種期刊、專書和目錄，以及清代書畫、器物、古籍善本、文獻等書籍和裝裱卷軸、手卷等。故宮積極派員出國培訓、考察和參加國際學術活動。主持多場國際學術研討會，如59年“中國古代繪畫研討會”(1970)；在日本大阪世博會和韓國首爾中國展上，選擇高質量產品出國展覽受到好評。