這部書積累了作者平日的治驗，主要講述了以內科雜病為主的75門病證以及脈形、臟象圖說、各臟用藥治法。在結構上，卷1首先論述了脈鏡診斷，並列出了調攝養生的16條建議，接著是臟象圖說及各臟用藥治法。卷2到卷6則分別介紹了傷寒、溫病、瘟疫、雜病、婦人、小兒、五官、外科的多種病證。
此外，《丹臺玉案》的附方廣泛，敘述較為具體。作者孫文胤在晚年學佛，其醫學思想深受佛道影響。
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