目前還存有“三套半”。其中，文淵閣本原藏北京故宮，後經上海、南京轉運至臺灣，現藏臺北故宮博物院（也是保存較為完好的壹部）；避暑山莊文津閣本於1950年代由中國政府下令調撥到中國國家圖書館，這是目前唯壹壹套原架原函原書保存的版本；文溯閣《四庫全書》願存於沈陽，1966年10月，當時正處於中蘇關系緊張時，為保護《四庫全書》安全，林彪下令將秘密從沈陽運至蘭州，藏於戈壁沙漠中。目前，遼寧要求歸還，以書閣合璧。甘肅方面也修建藏書樓，加強保護；而殘缺不全的文瀾閣本則藏於浙江省圖書館。
《四庫全書》完成至今的兩百年間同樣中國歷經動亂而飽經滄桑，多份抄本在戰火中被毀。其中文源閣本在1860年英法聯軍攻占北京，火燒圓明園時被焚毀，文宗、文匯閣本在太平天國運動期間被毀；杭州文瀾閣藏書樓1861年在太平軍第二次攻占杭州時倒塌，所藏《四庫全書》散落民間，後由藏書家丁氏兄弟收拾、整理、補鈔，才搶救回原書的四分之壹，於1881年再度存放入修復後的文瀾閣。文瀾閣本在民國時期又有壹次大規模修補，目前大部分內容已經恢復，因此《四庫全書》今天只存3套半。