閩南家族文化研究方向主要包括閩南傳統家族文化研究、閩南傳統家族結構、功能與社會變遷研究、閩南家族經濟活動研究、閩臺家族社會比較研究、兩岸連氏研究等。
東南沿海文化研究方向主要有福建文獻整理與研究、福建人物年譜編纂、閩南海洋社會經濟史研究、明清涉臺詩歌研究、林語堂研究等。
閩南語文化的研究方向主要有閩南語研究、閩南語口頭文學研究、閩南語與文化研究、閩南語文學整理與研究。
閩南民間信仰的研究方向主要包括閩南民間信仰文獻的整理與研究、閩南民間信仰的起源與演變研究、各個歷史時期閩南民間信仰與民眾社會心理研究、閩臺宗教文化與民俗比較研究。
閩南民間藝術方向主要包括閩南民間舞蹈、閩南民間音樂、閩南民間藝術、閩南戲曲的研究。
(圖集數據來源)截至2012，12，閩南文化研究院現有研究人員50人，其中名譽教授1人，教授22人，副教授14人，博士30人，研究實力雄厚。高級職稱占總數的78.2%；50歲以下的教授占教授總數的50%，45歲以下的占總數的52.1%。以中國語言文學為學科背景的研究者25人，歷史學17人，宗教民俗學2人，藝術學1人，經濟學1人，他們的學科結構和基礎。其中教授是閩南家族文化研究方向的學術帶頭人，鄧教授和副教授是學術骨幹。教授是東南沿海文化研究方向的學術帶頭人，學術骨幹有小、、教授。閩南方言文化研究方向的學術帶頭人為教授，學術骨幹為研究館員、楊教授和副教授。林國平教授是學術帶頭人，雍正教授和張曉松教授是閩南民間信仰研究方向的學術骨幹。教授是閩南民間美術的學科帶頭人，郭教授和副教授是學術骨幹。閩南民間信仰研究所學術與研究團隊
、教授、、教授、段副教授、馬海燕講師、鐘建華講師、羅助理教授、蔡慧如講師。
閩南方言文化研究所研究團隊
教授、副教授、研究館員、楊教授、林松宇講師、副教授、吳副教授。
東南海疆文化研究所研究團隊
1，閩海文獻研究室
、肖、胡、唐章平、鄧、張澤同、陳先平、胡明貴、蘇惠平、秦守偉。
2.林語堂實驗室
教授，副教授，教授李，，副教授向，，副教授時宇，講師。
閩南家庭文化研究所研究團隊
教授、副教授、副教授、郭聯誌教授、講師嵇康、講師潘如虹、講師、副教授、主編安栓虎、副教授丁煉、講師朱、副教授、講師李依婷、副教授史培林學術委員會分會主席:陳誌平。
副主席:肖
成員(按字母順序排列):、鄧、王日根、、楊、、、、、胡金旺、史玉生。
秘書:鄧(兼)十壹五期間，閩南文化研究所承擔各級科研項目77項，其中國家社科規劃項目10項，省部級人文社科項目65項，出版學術專著38部，發表代表性學術論文131篇，獲得省級社科優秀成果10項。同時，自2007年以來，先後舉辦了林語堂國際學術研討會、閩語國際學術研討會、第三屆張凱王聲文化國際學術研討會等10多次重要學術會議。2014“弘揚海峽兩岸閩南文化優秀傳統，創新閩南文化特色人才培養體系”獲福建省第七屆高等教育教學成果特等獎。
2014年，閩南師範大學閩南文化研究所花了壹年多的時間編寫了《閩南涉臺族譜集》兩個系列叢書，匯集了兩岸專家學者的智慧，填補了閩南歷史文化研究的空白，具有較高的學術價值和社會意義。《閩臺文化交流》是由閩南文化研究所主辦的全國性公開刊物，是福建省唯壹的重要刊物。從2006年創刊到2012，該刊已連續出版32期，文章超過1000篇。與臺灣省東吳大學、中興大學、真理大學、馮佳大學、臺灣省中央研究院、臺灣省中國佛教協會等都有合作。